howto/chimera のバックアップ(No.1)

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- 1 (2018-11-17 (土) 11:12:54)
- 2 (2018-12-10 (月) 19:04:34)
- 3 (2018-12-12 (水) 14:13:38)
- 4 (2020-04-28 (火) 18:52:11)

howto/python †

howto/python

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一行メモ †

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結合距離や結合角などを測る †

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たとえば結合角のとき（結合距離も同様） †

Tools → Structure Analysis → Angles/Torsions → Structure MeasurementsのAnglesタブ
→ マウスで３原子を選択（Ctrl+Button1、Ctrl+Shift+Button1、Ctrl+Shift+Button1）
→ Structre Measurementsの Createボタンを押す。

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基本 †

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分子の読み込み †

File → open → fchk, pdb, xyz, cube などが読み込める
(注) アニメーションは別項目

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複数分子があるときの、表示・非表示の選択 †

Favorites → Model Panelから選択

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マウス操作 †

Favorites → Preferences → Mouseで設定を確認・変更できる。下記はデフォルト値。

　左: 回転　中: 平行移動　右: 拡大・縮小　Ctrl-左: 選択　Ctrl-中: 拡大・縮小（単にカメラが近づく・遠ざかる）　Ctrl-右: クリックした原子を中心にする

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原子の表現方法の変更 †

たとえばラインにする場合は Actions → Atoms/Bondss → wire

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特定の原子を回転中心にする（拡大もされる） †

原子を選択→Actions→Focus

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Z方向のクリッピングなどの変更 †

Favorites → Side View

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背景色を白にする †

Favorites → Command Lineから、
Command: set bg_color white
をする（コマンド履歴は残る）。