howto/chimera

一行メモ


ボリュームデータ(グリッドデータ)について操作する

ひとつのvolume dataの読み込み

File → open または
Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map

cubeファイルの読み込み(複数のvolume dataは別々のオブジェクトとして読み込む)

Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map
  fchkからcubegenでcubeファイルを作成可能
    c.f.:
      % ghelp cubegen
      % cubegen 0 OccA hoge.fchk hoge.cube -2 h
      hoge.cubeに複数のボリュームデータが含まれていてもchimeraで可能(x,y,z,mの順の入れ子ループ、
      mが最内側なので注意)

volume seriseaの読み込み

Tools → Volume Data → Volume Series → Open

読み込んだボリュームシリーズの操作について)
  Volume Viewerで、ひとつのボリュームデータについて等値面の値や色などを変更した後、Volume Series
  → Play をすると、その設定が他のボリュームデータにも適用される。

等値面の操作

Tools → Volume Data → Volume viewer

表示されるもの(操作対象)を切り替え可(最大3個までが表示)

ウィンドウで等値面を操作可
  表示・非表示
  surface, mesh, solidの種類切り替え
  値、色の設定
  面数の増減(ctrl-左クリックで増減)

BOX枠を出す

Tools → Volume Data → Volume viewer →
Features → Orthogonal planes → BOXをクリックで、副作用的にvolumeデータの領域の枠表示
(BOXをクリックすると消せない。等値面は Solidになるがバグ発生の温床になるので他に変更する)

断面(切り取り面)の表示

Tools → Volume Data → Volume viewer →
Features → Planes 断面(面だけ、等値面は非表示になる? volume領域を切り取って断面表示可)などに
できる。

等値面の自動的な色づけ

Volume Viewer → Tools
  → Surface Color 値により色づけできる(c.f.: options, set, color, uncolor)

時系列のVolumeデータの読み込み

Favorites->Command Line→「vseries open ~/Desktop/seqcube/*psiRe-a02f*.cube」を入力実行
Tools->Volume Data->Volume Series→Play
 - 複数回vseriesで読み込むことにより、それぞれの時系列シリーズを作れるようだ。
 - Playで複数の時系列シリーズを同時にアニメーションにできるようだ。

chimeraによる動画作成方法

Tools->Utilities->Movie Recorder
 - ウィンドウ内の画像を記録して、動画を作る

時系列の分子構造について操作する

xyzファイルからアニメーションの作成

Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → ファイル_001.xyz~_NNN.xyzを読む
次に、Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → File → Record movie → File nameを与えて、
avi形式などを選択 → Recordボタン

結合距離や結合角などを測る

たとえば結合角のとき(結合距離も同様)

Tools → Structure Analysis → Angles/Torsions → Structure MeasurementsのAnglesタブ
→ マウスで3原子を選択(Ctrl+Button1、Ctrl+Shift+Button1、Ctrl+Shift+Button1)
→ Structre Measurementsの Createボタンを押す。

その他

体積・面積の計算する

Tools → Volume Data → Measure Volume and Area で表示している体積・面積が出せる

静電ポテンシャルの計算

electrostatic potential (.dxファイル)を作れるらしい。
    以前に、 .dxファイルをどうやって作った? 2009/10/01

基本

分子の読み込み

File → open → fchk, pdb, xyz, cube などが読み込める
(注) アニメーションは別項目

複数分子があるときの、表示・非表示の選択

Favorites → Model Panelから選択

マウス操作

Favorites → Preferences → Mouseで設定を確認・変更できる。下記はデフォルト値。

 左: 回転  中: 平行移動  右: 拡大・縮小  Ctrl-左: 選択  Ctrl-中: 拡大・縮小(単にカメラが近づく・遠ざかる)  Ctrl-右: クリックした原子を中心にする

原子の表現方法の変更

たとえばラインにする場合は Actions → Atoms/Bondss → wire

特定の原子を回転中心にする(拡大もされる)

原子を選択→Actions→Focus

Z方向のクリッピングなどの変更

Favorites → Side View

背景色を白にする

Favorites → Command Lineから、
Command: set bg_color white
をする(コマンド履歴は残る)。

リンク


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