howto/PyMOL のバックアップ(No.4)

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howto/PyMOL へ行く。
- 1 (2018-11-21 (水) 05:27:23)
- 2 (2018-11-21 (水) 05:28:48)
- 3 (2019-03-30 (土) 21:35:58)
- 4 (2021-03-09 (火) 09:34:26)

howto/PyMOL †

howto/PyMOL
- 一行メモ
PyMOLの使い方

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一行メモ †

セレクタ、及び、基本的な使い方あり http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/command.php -- 2018-11-21 (水) 05:28:48

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PyMOLの使い方 †

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マウス操作 †

(左下に操作方法が表示されている。以下は3 Button Motionsの場合)

左ドラッグ：　回転
　　　　　　　原子上でクリックすると残基が選択され、上にchain,numberなどの情報が出る。
中ドラッグ：　平行移動
　　　　　　　ホイールは、Z軸平行移動(Slab)
　　　　　　　原子上でクリックすると、回転中心になる。
右ドラッグ：　拡大縮小
　　　　　　　原子上でクリックすると、サブメニューが出る。

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距離、角度、二面角などを測る †

Wizardメニュー→Measurement→右下のプルメニューでDistance等を選択→左クリック
→測り終わったら右下のDoneを押す

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(φ,ψ)値 †

コマンドで
PyMOL> phi_psi res -2-1 and chain c
とすると(φ,ψ)の値が上に出力されるようだ。

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リボン表示 †

右のパネルで、"A S H L C"とあるうちの、S→cartoon

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初期化 †

PyMOL> reinitialize

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[他] †

set depth_cue, 1  #デプスキューを有効にするらしい（デフォルトで有効らしい）
set fog, 20  #奥行きを薄める

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