howto/PyMOL の変更点

追加された行はこの色です。
削除された行はこの色です。
howto/PyMOL へ行く。
howto/PyMOL の差分を削除
#author("2021-03-09T09:34:26+09:00","default:okazaki","okazaki")
#author("2021-03-14T14:41:59+09:00","default:okazaki","okazaki")
#menu(howto/MenuBar)
* howto/PyMOL [#p6cdcc05]
#contents
** 一行メモ [#t712a40c]
- セレクタ、及び、基本的な使い方あり http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/command.php --  &new{2018-11-21 (水) 05:28:48};
- .pze または .pse などのセッションで保存できる。 --  &new{2021-03-13 (土) 11:31:02};

#comment

* PyMOLの使い方 [#y36b4fc2]

** マウス操作 [#la57b6d0]

 (左下に操作方法が表示されている。以下は3 Button Motionsの場合)
 
 左ドラッグ：　回転
 　　　　　　　原子上でクリックすると残基が選択され、上にchain,numberなどの情報が出る。
 中ドラッグ：　平行移動
 　　　　　　　ホイールは、Z軸平行移動(Slab)
 　　　　　　　原子上でクリックすると、回転中心になる。
 右ドラッグ：　拡大縮小
 　　　　　　　原子上でクリックすると、サブメニューが出る。


** 距離、角度、二面角などを測る [#v10d3189]

 Wizardメニュー→Measurement→右下のプルメニューでDistance等を選択→左クリック
 →測り終わったら右下のDoneを押す

** (φ,ψ)値 [#v17f4c34]

 コマンドで
 PyMOL> phi_psi res -2-1 and chain c
 とすると(φ,ψ)の値が上に出力されるようだ。

** リボン表示 [#s16e6d6f]

 右のパネルで、"A S H L C"とあるうちの、S→cartoon

** 初期化 [#o7bd899a]

 PyMOL> reinitialize


** [他] [#l4863c2f]

 set depth_cue, 1  #デプスキューを有効にするらしい（デフォルトで有効らしい）
 set fog, 20  #奥行きを薄める

** [他] [#q0b92fa1]

- https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp/lab/pymol/
- http://sorindb.sap.u-tokai.ac.jp/pub/bioinfo/pymoler.pdf
- https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/ch01/index.html