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#author("2020-04-28T18:52:11+09:00","","")
#author("2020-11-02T18:22:22+09:00","default:okazaki","okazaki")
#menu(howto/MenuBar)
* howto/chimera [#m0660709]
#contents
** 一行メモ [#t275967a]
- b3JhbmdlLmVpdC5oaXJvc2FraS11LmFjLmpw <a href='http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-a'>gjopirau-a.anchor.com</a> [URL=http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-u]gjopirau-u.anchor.com[/URL] http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#gjopirau-t anlero -- [[togaxu]] &new{2020-04-28 (火) 18:51:54};
- b3JhbmdlLmVpdC5oaXJvc2FraS11LmFjLmpw <a href='http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-a'>emumig-a.anchor.com</a> [URL=http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-u]emumig-u.anchor.com[/URL] http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#emumig-t ehugoxe -- [[ixotuzuka]] &new{2020-04-28 (火) 18:52:03};
- b3JhbmdlLmVpdC5oaXJvc2FraS11LmFjLmpw <a href='http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-a'>owixio-a.anchor.com</a> [URL=http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-u]owixio-u.anchor.com[/URL] http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t http://mewkid.net/buy-phicalis/#owixio-t apevirina -- [[uxiuduku]] &new{2020-04-28 (火) 18:52:11};

#comment


//--------------------------------------------------------------------------------
* ボリュームデータ（グリッドデータ）について操作する [#e4aeda93]

** ひとつのvolume dataの読み込み [#r294536c]
 File → open または
 Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map

** cubeファイルの読み込み（複数のvolume dataは別々のオブジェクトとして読み込む） [#kf0dccf4]
 Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map
   fchkからcubegenでcubeファイルを作成可能
     c.f.:
       % ghelp cubegen
       % cubegen 0 OccA hoge.fchk hoge.cube -2 h
       hoge.cubeに複数のボリュームデータが含まれていてもchimeraで可能（x,y,z,mの順の入れ子ループ、
       mが最内側なので注意）

** volume seriseaの読み込み [#j1c894b3]
 Tools → Volume Data → Volume Series → Open
 
 読み込んだボリュームシリーズの操作について）
   Volume Viewerで、ひとつのボリュームデータについて等値面の値や色などを変更した後、Volume Series
   → Play をすると、その設定が他のボリュームデータにも適用される。
 
** 等値面の操作 [#l4e2eef1]
 Tools → Volume Data → Volume viewer
 
 表示されるもの（操作対象）を切り替え可（最大３個までが表示）
 
 ウィンドウで等値面を操作可
   表示・非表示
   surface, mesh, solidの種類切り替え
   値、色の設定
   面数の増減（ctrl-左クリックで増減）

** BOX枠を出す [#m586042d]
 Tools → Volume Data → Volume viewer →
 Features → Orthogonal planes → BOXをクリックで、副作用的にvolumeデータの領域の枠表示
 (BOXをクリックすると消せない。等値面は Solidになるがバグ発生の温床になるので他に変更する)

** 断面（切り取り面）の表示 [#z21c985f]
 Tools → Volume Data → Volume viewer →
 Features → Planes 断面（面だけ、等値面は非表示になる？ volume領域を切り取って断面表示可）などに
 できる。

** 等値面の自動的な色づけ [#z9d2207f]
 Volume Viewer → Tools
   → Surface Color 値により色づけできる（c.f.: options, set, color, uncolor）


** 時系列のVolumeデータの読み込み [#d296f3f0]
 Favorites->Command Line→「vseries open ~/Desktop/seqcube/*psiRe-a02f*.cube」を入力実行
 Tools->Volume Data->Volume Series→Play
 　- 複数回vseriesで読み込むことにより、それぞれの時系列シリーズを作れるようだ。
 　- Playで複数の時系列シリーズを同時にアニメーションにできるようだ。

** chimeraによる動画作成方法 [#pceee4b6]
 Tools->Utilities->Movie Recorder
 　- ウィンドウ内の画像を記録して、動画を作る
- Commands for Making Animations（動画例、参考になる？）: 
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/movie-howto-mar2012/movie_examples.html
- Commands Index（索引）: 
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/framecommand.html


//--------------------------------------------------------------------------------
* 時系列の分子構造について操作する [#p637afdd]

** xyzファイルからアニメーションの作成 [#tc410305]
 Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → ファイル_001.xyz～_NNN.xyzを読む
 次に、Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → File → Record movie → File nameを与えて、
 avi形式などを選択 → Recordボタン


//--------------------------------------------------------------------------------
* 結合距離や結合角などを測る [#bb0329c4]

** たとえば結合角のとき（結合距離も同様） [#mad59578]
 Tools → Structure Analysis → Angles/Torsions → Structure MeasurementsのAnglesタブ
 → マウスで３原子を選択（Ctrl+Button1、Ctrl+Shift+Button1、Ctrl+Shift+Button1）
 → Structre Measurementsの Createボタンを押す。


//--------------------------------------------------------------------------------
* その他 [#h773ab05]

** 体積・面積の計算する [#e3961155]
 Tools → Volume Data → Measure Volume and Area で表示している体積・面積が出せる

** 静電ポテンシャルの計算 [#xbdb7193]
 electrostatic potential (.dxファイル)を作れるらしい。
     以前に、 .dxファイルをどうやって作った？ 2009/10/01


//--------------------------------------------------------------------------------
* 基本 [#e170da4c]

** 分子の読み込み [#e6a51a68]
 File → open → fchk, pdb, xyz, cube などが読み込める
 (注) アニメーションは別項目

** 複数分子があるときの、表示・非表示の選択 [#f77e49aa]
 Favorites → Model Panelから選択

** マウス操作 [#y4660765]
 Favorites → Preferences → Mouseで設定を確認・変更できる。下記はデフォルト値。
　左: 回転
　中: 平行移動 
　右: 拡大・縮小
　Ctrl-左: 選択
　Ctrl-中: 拡大・縮小（単にカメラが近づく・遠ざかる）
　Ctrl-右: クリックした原子を中心にする

** 原子の表現方法の変更 [#o5361f4b]
 たとえばラインにする場合は Actions → Atoms/Bondss → wire

** 特定の原子を回転中心にする（拡大もされる） [#lf5bc4f7]
 原子を選択→Actions→Focus

** Z方向のクリッピングなどの変更 [#a190122a]
 Favorites → Side View

** 背景色を白にする [#la104574]
 Favorites → Command Lineから、
 Command: set bg_color white
 をする（コマンド履歴は残る）。


//--------------------------------------------------------------------------------
* リンク [#l58251df]

- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/downloads/1.8.1/docs/UsersGuide/filetypes.html#volume （ファイルタイプ一覧）
- feedback Page: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/feedback.html
-- The Chimera-users Archives: http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/index.html
-- The Chimera-dev Archives: http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-dev/index.html

- Commands Index http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/framecommand.html
- Programmers Guide https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/
- モジュール(スクリプト?)作成の参考になるかも
-- Chimera Programming Frequently Asked Questions https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/faq.html
（←12) Getting the size of a volume data set.がとっかかりになる？
-- http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/Chimera スクリプトの参考に少しなるかも