#author("2023-09-01T11:36:37+09:00","default:okazaki","okazaki")
#author("2023-09-01T11:38:11+09:00","default:okazaki","okazaki")
#menu(howto/MenuBar)
* howto/maestro [#c1fcaed5]
#contents
** 一行メモ [#w396d3e7]
- 東工大の利用方法説明 https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/schrodinger/maestro/ -- &new{2020-11-12 (木) 18:11:16};
- pdb形式のファイルを Importするとき、Chain IDが同じで残基番号が同じものは、残基番号順にStructure Hierarchyに並べられる。 -- &new{2021-03-09 (火) 17:27:45};
- Send to PyMOLで水分子も表示する場合、水分子にはH原子も表示しておかないと、酸素原子の点ですら表示されないので注意。PolarのHを表示すればよい。 -- &new{2021-03-09 (火) 17:28:51};
#comment
* Maestroの使い方 [#c80017ee]
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** 基本 [#ya3c7974]
*** PyMOLでシーン？を表示する [#oc1cb774]
Workspaceメニュー→Send To PyMOL
PyMOLの方が表示がとても速い。
距離などの表示もそのまま引き継がれる（superimposeした場合は、別の原子が選択されているようになり表示は変である）。
複数のシーンをSendすると、PyMOLに蛋白質がなんども追加されてゆく。
*** PDBファイルの読み込み [#o7a3f42c]
Fileメニュー→Import Structure
左のENTRY LISTに PDB IDの 名前で登録される。名前の変更は、名前の上で左クリックする。
*** 非選択・選択、非表示・表示 [#t04e6bdd]
非選択は、アイコンメニューの Quick Selectにある Clear selectionアイコン
選択は、左のSTRUCTURE HIERARCHYから、残基名などを選択することでできる。
ダブルクリックするとそれを表示・選択する。
非表示・表示は、左のSTRUCTURE HIERARCHYから、左のチェックボックスでできる。
*** ある残基を中心に表示する、原子の名前を表示する [#w5015ff5]
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などをダブルクリックすると、そこが見えるように視点が移動・拡大される。
原子の上で右クリック→style→label apply→PDB nameで、PDB記載の原子の名前を表示する。
原子の上で右クリック→Style→Apply Labels→PDB Atom Nameで、PDB記載の原子の名前をラベル表示する。
（一瞬だけみたいときは、原子の上にマウスを載せると、ウィンドウ下に表示されている。）
*** 水素原子の非表示 [#t717e0e4]
蛋白質を選択しておくなどして(部分も可能だろう)、STYLEアイコンメニュー→Hの三角アイコン
→Hide All Hydrongens
*** 前後のクリッピング [#v092944a]
Windowメニュー→Clipping Planesをチェックしておく。
右下に、クリッピング面が黄色線で表示されるのでマウスで移動して変更する。
*** マウス操作を変更する [#k0a98f6f]
Workspaceメニュー→Customize Mouse Actions
マウスボタン1と2を交換しておくのが使いやすい。
以下は1,2を交換した場合。
左ドラッグ： 回転
左クリック： クリックしたところが原子のとき、そこを回転中心する。
c.f.
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などをダブルクリックすると、そこが見えるように視点が移動・拡大される。
中クリック： 原子などの選択（複数選択したいときは Shift+中クリック）
予めSelection scopeアイコンで、Atom、Residue、などを希望するものにしておく。
bondを中クリックすると両端の原子が選択される。
右ドラッグ： 平行移動
右クリック： クリックしたところが原子のとき、いろいろサブメニューが出てる。
予めSet selection scopeアイコンで、Atom、Residue、Chain、など希望するものにしておく。
サブメニュー→Style で、ラベル表示・非表示、表示モデル変更、などができる。
c.f.
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などを右クリックすると、サブメニュー→Styleで、同様のことができる。
#ref(mouseAction_afterSwapping1and2.png,left,100%,nowrap)
*** ENTRY LISTにある複数の蛋白質を重ねて表示する [#o4671b84]
ENTRY LISTの左丸をシフトクリックする
*** 構造の重ね合わせ(superimpose) [#q3a1f4e3]
右上のTASKSアイコン→Browse→TASKS項目のStructure Alignment→Superposition→
Referenceで参照構造を選択、Choose methodでProtein Backbone等を選択、Superimpose structureボタンを押す。
RMSDの値も出力される。表示されているものがsupoerimposeされるようである。
また、undoは可能だが、複雑なことをした場合、個別に元に戻せないので注意。
又は、
右上のTASKSアイコン→Browse→TASKS項目のStructure Alignment→Quick Align
どっちが移動されるか、何で重ね合わされるかは不明だが、簡便。
** 色 [#x817e323]
*** 蛋白質全体など、色を変える [#ha43d8a9]
予め色を変えたいものを選択しておく→左にあるSTRUCTURE HIERARCHY
→Current Selectionの右にマウスカーソルをもってゆくと「＋」アイコンが表示されるのでクリック
→Paint thease atoms one colorクリック→色を選ぶ。
また、次のように炭素原子だけ色を変更することが出来る。
Paintではなく、Color Atomsをクリック→色を選ぶ、Element+Custom Carbonsを選択する。
//--------------------------------------------------------------------------------
** 測る [#h831437a]
*** 衝突、水素結合を検知する [#ze6ad839]
右下のInteraction Toggleアイコンを On (青色)にし、…のChoose interactions to displayで表示するもの（Contacts/Clash,
Hydrogen bonds, Salt Bridges, などあり）を選ぶ。
（あまり当てにならない？）
*** 原子間の距離などを測る [#h42a8987]
アイコンバーの下にあるメニュー Measure→Distanceなど（このメニューは測り終わるまで閉じないこと）。
→原子を、マウスの中ボタンで選ぶ。
→ひととおり測り終わったら、最後にメニューで、OKを押すと結果が残る。cancelだと消える。
（ENTRY LISTで別の蛋白質を選ぶと、表示は消えるようだ）
//--------------------------------------------------------------------------------
** 編集 [#s4dae9e5]
*** 編集した構造をPDBとして書き出す [#gf41a1b4]
File→Export Structures、拡張子は.pdbを選ぶこと。
*** 二面角を変更する [#z079f4ee]
（予め二面角を測って角度を表示しておくとよいかもしれない。）
Selection scopeアイコンを Atomにしておき、中クリックで 4原子を選択する。
BUILDアイコン→Move→Ajust Angles or Dihedrals→中ボダンでドラッグ。
又は、
BUILDアイコン→Move→Ajust Angles or Dihedrals→中ボタンで4原子を選択する(2個めからはshift押しながら)
→中ボダンでドラッグ。
もしくは、
BUILDアイコン→Move→Dihedrals→中ボダンでbondをクリックする（緑色の矢印を中ボタンでクリックすると
動かす側を変更できる）→中ボタンをドラッグ（中ボタンを回転させてもよい）。
*** 原子の削除 [#pf8596a6]
原子上で、マウス中ボタン→Delete
*** すべての水素原子を選択し、削除する [#oedfa9ee]
Selectメニュー→More Objects→All Hydrogen Atoms
Editメニュー→Delete Atoms
*** -COを -COOにする（例） [#b7f57300]
Cを選択→EditメニューのAdd Hydrogens→Hを選択し、アイコンメニューのBUILDで、O原子に変更
→余計なH原子も付加されるので、選択してHを削除する。
*** ENTRY LISTにある蛋白質をコピーする [#s27107a5]
蛋白質の上で右クリック→Duplicate→In Place、その後、名前を変えておく。
*** chain毎に分ける [#ja0d2f10]
ENTRY LISTで分ける蛋白質の上で右クリック→Split→By chain
*** BUILD [#vad05b4d]
アミノ酸を置ける。
端を選択しておいて、次のアミノ酸残をつなげることが出来る。extended conformationのようだ。
note: Thrのχ1の定義がよくわからない。
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** 他 [#o53f1fec]
*** help [#ncd993bc]
Help→Helpでブラウザが開き、検索で調べられる。
*** プロジェクトとして保存、開く、閉じる [#h37db9d0]
File→Save Project As→プロジェクト名を入れて保存（日本語は使えない）
なお、プロジェクトとして保存した内容は、Maestroの操作結果が随時更新され保存される。Saveした時の状態のままではない。
その状態のものを取っておきたいときは、プロジェクトのフォルダ毎コピーしておく（対処療法）。
File→Open Projectで開く
File→Close Projectで閉じる（Maestroは初期状態になる感じである）
*** 蛋白質を全部消す [#f9876552]
File→Close Project
*** メニューにある[AUTO] [#x76a5bc0]
？ 切っておく（表示・非表示の切り替えで視点が変わらないように）
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