howto/PyMOL †

一行メモ †

• セレクタ、及び、基本的な使い方あり http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/command.php -- 2018-11-21 (水) 05:28:48
• .pze または .pse などのセッションで保存できる。 -- 2021-03-13 (土) 11:31:02

PyMOLの使い方 †

マウス操作 †

(左下に操作方法が表示されている。以下は3 Button Motionsの場合)

左ドラッグ：　回転
　　　　　　　原子上でクリックすると残基が選択され、上にchain,numberなどの情報が出る。
中ドラッグ：　平行移動
　　　　　　　ホイールは、Z軸平行移動(Slab)
　　　　　　　原子上でクリックすると、回転中心になる。
右ドラッグ：　拡大縮小
　　　　　　　原子上でクリックすると、サブメニューが出る。

距離、角度、二面角などを測る †

Wizardメニュー→Measurement→右下のプルメニューでDistance等を選択→左クリック
→測り終わったら右下のDoneを押す

(φ,ψ)値 †

コマンドで
PyMOL> phi_psi res -2-1 and chain c
とすると(φ,ψ)の値が上に出力されるようだ。

リボン表示 †

右のパネルで、"A S H L C"とあるうちの、S→cartoon

初期化 †

PyMOL> reinitialize

[他] †

set depth_cue, 1  #デプスキューを有効にするらしい（デフォルトで有効らしい）
set fog, 20  #奥行きを薄める

[他] †

• https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp/lab/pymol/
• http://sorindb.sap.u-tokai.ac.jp/pub/bioinfo/pymoler.pdf
• https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/ch01/index.html