![[PukiWiki]](image/favicon_for_orange.png "[PukiWiki]"){kind=small}
Top / howto / chimera
howto/chimera †一行メモ †ボリュームデータ（グリッドデータ）について操作する †ひとつのvolume dataの読み込み †File → open または Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map cubeファイルの読み込み（複数のvolume dataは別々のオブジェクトとして読み込む） †Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map
fchkからcubegenでcubeファイルを作成可能
c.f.:
% ghelp cubegen
% cubegen 0 OccA hoge.fchk hoge.cube -2 h
hoge.cubeに複数のボリュームデータが含まれていてもchimeraで可能（x,y,z,mの順の入れ子ループ、
mが最内側なので注意）
volume seriseaの読み込み †Tools → Volume Data → Volume Series → Open 読み込んだボリュームシリーズの操作について） Volume Viewerで、ひとつのボリュームデータについて等値面の値や色などを変更した後、Volume Series → Play をすると、その設定が他のボリュームデータにも適用される。 等値面の操作 †Tools → Volume Data → Volume viewer 表示されるもの（操作対象）を切り替え可（最大３個までが表示） ウィンドウで等値面を操作可 表示・非表示 surface, mesh, solidの種類切り替え 値、色の設定 面数の増減（ctrl-左クリックで増減） BOX枠を出す †Tools → Volume Data → Volume viewer → Features → Orthogonal planes → BOXをクリックで、副作用的にvolumeデータの領域の枠表示 (BOXをクリックすると消せない。等値面は Solidになるがバグ発生の温床になるので他に変更する) 断面（切り取り面）の表示 †Tools → Volume Data → Volume viewer → Features → Planes 断面（面だけ、等値面は非表示になる？ volume領域を切り取って断面表示可）などに できる。 等値面の自動的な色づけ †Volume Viewer → Tools → Surface Color 値により色づけできる（c.f.: options, set, color, uncolor） 時系列のVolumeデータの読み込み †Favorites->Command Line→「vseries open ~/Desktop/seqcube/*psiRe-a02f*.cube」を入力実行 Tools->Volume Data->Volume Series→Play - 複数回vseriesで読み込むことにより、それぞれの時系列シリーズを作れるようだ。 - Playで複数の時系列シリーズを同時にアニメーションにできるようだ。 chimeraによる動画作成方法 †Tools->Utilities->Movie Recorder - ウィンドウ内の画像を記録して、動画を作る
時系列の分子構造について操作する †xyzファイルからアニメーションの作成 †Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → ファイル_001.xyz～_NNN.xyzを読む 次に、Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → File → Record movie → File nameを与えて、 avi形式などを選択 → Recordボタン 結合距離や結合角などを測る †たとえば結合角のとき（結合距離も同様） †Tools → Structure Analysis → Angles/Torsions → Structure MeasurementsのAnglesタブ → マウスで３原子を選択（Ctrl+Button1、Ctrl+Shift+Button1、Ctrl+Shift+Button1） → Structre Measurementsの Createボタンを押す。 その他 †体積・面積の計算する †Tools → Volume Data → Measure Volume and Area で表示している体積・面積が出せる 静電ポテンシャルの計算 †electrostatic potential (.dxファイル)を作れるらしい。
以前に、 .dxファイルをどうやって作った？ 2009/10/01
基本 †分子の読み込み †File → open → fchk, pdb, xyz, cube などが読み込める (注) アニメーションは別項目 複数分子があるときの、表示・非表示の選択 †Favorites → Model Panelから選択 マウス操作 †Favorites → Preferences → Mouseで設定を確認・変更できる。下記はデフォルト値。 左: 回転 中: 平行移動 右: 拡大・縮小 Ctrl-左: 選択 Ctrl-中: 拡大・縮小（単にカメラが近づく・遠ざかる） Ctrl-右: クリックした原子を中心にする 原子の表現方法の変更 †たとえばラインにする場合は Actions → Atoms/Bondss → wire 特定の原子を回転中心にする（拡大もされる） †原子を選択→Actions→Focus Z方向のクリッピングなどの変更 †Favorites → Side View 背景色を白にする †Favorites → Command Lineから、 Command: set bg_color white をする（コマンド履歴は残る）。 リンク †
|
