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開始行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/GROMACS [#x792d3d8]
#contents
** 一行メモ [#r0ad4f29]
- 力場やトポロジーに関するメモ -- &new{2020-11-18 (水) 1...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/refere...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/refere...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/refere...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/user-g...
-- https://winmostar.com/jp/manual_jp/html/winmos/md/winm...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/manual...
--- http://manual.gromacs.org/documentation/current/index...
--- http://manual.gromacs.org/documentation/2018/manual-2...
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/onlineh...
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/referen...
- メモ https://gromacs.bioexcel.eu/t/seemingly-unresolvab...
- gromacs 2020は cmake 3.9.6以上、gcc 5.1以上が必要である...
- CHARMM https://www.charmm.org/charmm/ -- &new{2020-12-...
-- force field https://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff....
- John.E.Kerriganによるチュートリアル(Gromacs ver 3.3.1) ...
- thread-MPI: gromacs独自のノード内のみで利用できるものの...
- https://qiita.com/hnishi/items/c6e8c0227aa7d2337993 trr...
- VMDの使い方はこちら [[howto/vmd]] -- &new{2023-04-12 (...
- alliumで gromacs (2020.4版)を使うには
-- サンプルのRUN.{LIB, SETUP, MIN, NVT, NPT, MD, POST}な...
-- コマンドラインからプログラムを直接動かす場合は次のいず...
--- source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256/bin/GMXRC...
--- source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256.dbl/bin/G...
--- source ./RUN.LIB
- https://manual.gromacs.org/2020-current/reference-manua...
- 2020seriesのドキュメント https://manual.gromacs.org/202...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* GROMACSの使い方 [#nf70f8c9]
以下のファイルを参照のこと。
- &ref(GROMACSの使い方_20230415.docx);
- &ref(gromacsのデータフロー20230414.pdf);
-- Miroボードへの共有リンク https://miro.com/app/board/uX...
(パスワードは、N...2..P...)
-- ボードのバックアップファイル &ref(gromacsのデータフロ...
-- Miro https://miro.com/
//-------------------------------------------------------...
*** .trrや.groから水分子などを除く [#v5b5ff0e]
$ gmx_mpi trjconv -f npt.trr -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f npt.gro -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f min.gro -s min.tpr -o min-nonwater....
繰り返して選択ができる
$ gmx_mpi trjconv -f npt-nonwater.gro -s npt.tpr -o npt-...
$ trjconv -f spc216.gro -s spc216.gro -o spc216.gro.pdb ...
//-------------------------------------------------------...
* リンク [#c7df801a]
** よく使う [#d2a4f3ab]
- GROMACSのマニュアル http://manual.gromacs.org/
；2020seriesなど、各バージョンのDocumentation→printable P...
- Justin A. Lemkul による Tutorials http://www.mdtutorial...
- GROMACSサポート http://www.gromacs.org/Support
；Forumでは検索可、Mailinglistもgoogleで、site:sys.kth.se...
** カテゴリなし [#l7bb08e9]
- Flow Chart ( http://manual.gromacs.org/archive/4.6.1/on...
これとリンク先の Getting Started sectionが初めて学ぶには...
genboxは solvateに変更になっている。
また、フローチャートはこれ以前の版のドキュメントには無い...
- リンク切れ [[Gromacs Introductory Tutorial (Gromacs ver...
チュートリアル http://www.gromacs.org/ のDocumentation->T...
- リンク切れ [[Lysozyme in Water>http://www.bevanlab.bioc...
チュートリアル http://www.gromacs.org/ のDocumentation->T...
- gromacs.orgに残っているチュートリアル
-- [[Another Lysozyme Tutorial>http://www.gromacs.org/Doc...
-- [[Free energy of solvation tutorial>http://www.gromacs...
** 入力の詳細 [#hfa2fb0c]
- [[User guide ; GROMACS 2016.3 documentation>http://manu...
- [[Molecular dynamics parameters (.mdp options) ; GROMAC...
** チュートリアル的なもの [#a3a52c9f]
- [[GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算>https:/...
- [[GROMACS実習>http://www.scls.riken.jp/wp-content/uploa...
- [[アルゴンの分子動力学計算 ->http://d.hatena.ne.jp/m-a-...
** その他 [#t233c018]
- [[GROMACS 4.5 Online Reference>http://allium.eit.hirosa...
allium上のオンラインリファレンス。Online Reference Manual...
- [[ソフトウェア マニュアル・チュートリアル | HPCシステム...
マニュアルやチュートリアルなど役立つ情報をまとめました。...
//-------------------------------------------------------...
* gromacsインストールの古いメモ [#r8fb8db6]
[[LABO/GROMACS/oldinstallmemo]]
終了行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/GROMACS [#x792d3d8]
#contents
** 一行メモ [#r0ad4f29]
- 力場やトポロジーに関するメモ -- &new{2020-11-18 (水) 1...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/refere...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/refere...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/refere...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/user-g...
-- https://winmostar.com/jp/manual_jp/html/winmos/md/winm...
-- http://manual.gromacs.org/documentation/current/manual...
--- http://manual.gromacs.org/documentation/current/index...
--- http://manual.gromacs.org/documentation/2018/manual-2...
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/onlineh...
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/referen...
- メモ https://gromacs.bioexcel.eu/t/seemingly-unresolvab...
- gromacs 2020は cmake 3.9.6以上、gcc 5.1以上が必要である...
- CHARMM https://www.charmm.org/charmm/ -- &new{2020-12-...
-- force field https://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff....
- John.E.Kerriganによるチュートリアル(Gromacs ver 3.3.1) ...
- thread-MPI: gromacs独自のノード内のみで利用できるものの...
- https://qiita.com/hnishi/items/c6e8c0227aa7d2337993 trr...
- VMDの使い方はこちら [[howto/vmd]] -- &new{2023-04-12 (...
- alliumで gromacs (2020.4版)を使うには
-- サンプルのRUN.{LIB, SETUP, MIN, NVT, NPT, MD, POST}な...
-- コマンドラインからプログラムを直接動かす場合は次のいず...
--- source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256/bin/GMXRC...
--- source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256.dbl/bin/G...
--- source ./RUN.LIB
- https://manual.gromacs.org/2020-current/reference-manua...
- 2020seriesのドキュメント https://manual.gromacs.org/202...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* GROMACSの使い方 [#nf70f8c9]
以下のファイルを参照のこと。
- &ref(GROMACSの使い方_20230415.docx);
- &ref(gromacsのデータフロー20230414.pdf);
-- Miroボードへの共有リンク https://miro.com/app/board/uX...
(パスワードは、N...2..P...)
-- ボードのバックアップファイル &ref(gromacsのデータフロ...
-- Miro https://miro.com/
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*** .trrや.groから水分子などを除く [#v5b5ff0e]
$ gmx_mpi trjconv -f npt.trr -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f npt.gro -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f min.gro -s min.tpr -o min-nonwater....
繰り返して選択ができる
$ gmx_mpi trjconv -f npt-nonwater.gro -s npt.tpr -o npt-...
$ trjconv -f spc216.gro -s spc216.gro -o spc216.gro.pdb ...
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* リンク [#c7df801a]
** よく使う [#d2a4f3ab]
- GROMACSのマニュアル http://manual.gromacs.org/
；2020seriesなど、各バージョンのDocumentation→printable P...
- Justin A. Lemkul による Tutorials http://www.mdtutorial...
- GROMACSサポート http://www.gromacs.org/Support
；Forumでは検索可、Mailinglistもgoogleで、site:sys.kth.se...
** カテゴリなし [#l7bb08e9]
- Flow Chart ( http://manual.gromacs.org/archive/4.6.1/on...
これとリンク先の Getting Started sectionが初めて学ぶには...
genboxは solvateに変更になっている。
また、フローチャートはこれ以前の版のドキュメントには無い...
- リンク切れ [[Gromacs Introductory Tutorial (Gromacs ver...
チュートリアル http://www.gromacs.org/ のDocumentation->T...
- リンク切れ [[Lysozyme in Water>http://www.bevanlab.bioc...
チュートリアル http://www.gromacs.org/ のDocumentation->T...
- gromacs.orgに残っているチュートリアル
-- [[Another Lysozyme Tutorial>http://www.gromacs.org/Doc...
-- [[Free energy of solvation tutorial>http://www.gromacs...
** 入力の詳細 [#hfa2fb0c]
- [[User guide ; GROMACS 2016.3 documentation>http://manu...
- [[Molecular dynamics parameters (.mdp options) ; GROMAC...
** チュートリアル的なもの [#a3a52c9f]
- [[GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算>https:/...
- [[GROMACS実習>http://www.scls.riken.jp/wp-content/uploa...
- [[アルゴンの分子動力学計算 ->http://d.hatena.ne.jp/m-a-...
** その他 [#t233c018]
- [[GROMACS 4.5 Online Reference>http://allium.eit.hirosa...
allium上のオンラインリファレンス。Online Reference Manual...
- [[ソフトウェア マニュアル・チュートリアル | HPCシステム...
マニュアルやチュートリアルなど役立つ情報をまとめました。...
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* gromacsインストールの古いメモ [#r8fb8db6]
[[LABO/GROMACS/oldinstallmemo]]
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