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開始行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/GROMACS [#x792d3d8]
#contents
** 一行メモ [#r0ad4f29]
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/onlineh...
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/referen...
-- メモ https://gromacs.bioexcel.eu/t/seemingly-unresolva...
- gromacs 2020は cmake 3.9.6以上、gcc 5.1以上が必要である...
- thread-MPI: gromacs独自のノード内のみで利用できるものの...
- https://qiita.com/hnishi/items/c6e8c0227aa7d2337993 trr...
- メモ gromacs.20204.mpi.avx256/share/gromacs/top -- &ne...
charmm27.ff heme-O2,CO
gromos43a1,a2 heme-cys
gromos45a3 heme-cys
gromos53a5,a6,a7 heme-CO
がありそうだ。HEM-HIS,METの何かのspecbond.datがありそう。
- [cf] CHARMM https://www.charmm.org/charmm/ → force fiel...
- ver2020.4 と SHA1=928497534c(2025/06/15のHEAD) の topデ...
-- 間違って入ってしまっている不要なファイルが消されている...
-- residuetypes.dat に "LYSN Protein" が追加されている
-- specbond.dat に "CYX SG 1 CYX SG 1 0.2 CYS2 CYS2" が...
-- charmm27.ff/aminoacids.c.tdb の atom typeが訂正されて...
-- gromacs{53a5,53a6,54a7}.ff/aminoacids.rtp で ACEのbond...
-- oplsaa.ff でいくつか訂正あり
- make_ndx https://qiita.com/tacoma/items/083ba58aabe56fc...
- トラジェクトリの変換 https://qiita.com/Ag_smith/items/d...
- 水のMD https://www.hpc.co.jp/tech-blog/2020/05/29/groma...
- メモ: trajconvで -fit と -pbc のオプションは同時には使...
- メモ、未確認 -- &new{2025-06-23 (月) 17:35:01};
tprファイルからgroファイルへの変換
editconf -f MD3.tpr -o MD3_ini_0.gro
pdbファイルへの変換（-sオプションにtemplateを指定、chain...
trjconv -f MD3.trr -s form3.pdb -skip 100 -o MD3_100fm_0...
vmd 60lla_md1.gro 60lla_md1.xtc
- vdwtype, vdw_type, vdw-type はすべて同じキーワードとみ...
- 同時に cutoff-scheme = Verlet (選択肢はこれのみ) と pbc...
- topファイル( genion_minequi.top )のchgをすべて 0.0に手...
- $ seq 51 | $GMX_MPI_D energy -f md03.part0003.edr -o ...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* 使い方 [#b5bc69e0]
** 練習文章(doxc)・フロー・サンプル [#ibfa384f]
- &ref(GROMACSの使い方_20250627.docx);
- &ref(gromacsのデータフロー20250627.pdf);
-- Miroボードへの共有リンク https://miro.com/app/board/uX...
(パスワードは、N...2..P...)
-- ボードのバックアップファイル &ref(gromacsのデータフロ...
-- Miro https://miro.com/
- ジョブスクリプトのサンプルの入手(2025/06/13現在)
$ git clone ssh://idrepgit@ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp/hom...
[作業ディレクトリ(略すとjobscript_coll)]
(パスワードはnamelessのcloneのときと同じ #0ivy0ShrdPwdA)
jobscript_coll/gmx_chignolin2020ディレクトリに、シニョリ...
中身を確認して使用する（どこで動かすかによりパス等の変更...
Justin A. Lemkul による Tutorials http://www.mdtutorials...
- alliumで gromacs (2020.4版)を使う(まとめ)
サンプルのRUN.{LIB, SETUP, MIN, NVT, NPT, MD, POST}など...
コマンドラインからプログラムを直接動かす場合には、次のい...
$ source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256/bin/GMXRC...
$ source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256.dbl/bin/G...
$ source ./RUN.LIB
- VMDの使い方はこちら [[howto/vmd]]
//-------------------------------------------------------...
** チュートリアル [#e3124157]
- &color(red){Justin A. Lemkul}; による Tutorials http://...
//-------------------------------------------------------...
** マニュアル [#l86b5c7d]
- GROMACSのマニュアル http://manual.gromacs.org/ 各バージ...
search, &color(red){printable PDF};, User guide,
&color(red){Short How-To guides};,
Reference Manual, etc. がある。
search は、tau_t などではヒットしないので tau-t などで検...
-- ver2020.4 Quick search https://manual.gromacs.org/202...
--- ver2020.4のPDFのマニュアルはここ https://zenodo.org/r...
-- ver2020 documentation https://manual.gromacs.org/2020-...
-- current版 https://manual.gromacs.org/current/index.htm...
- winmostarによる説明 https://winmostar.com/jp/manual_jp/...
//-------------------------------------------------------...
* Tips [#gcf5e6c3]
** GMX_MPI_D のオプション [#v5ad2c68]
$ GMX_MPI_D="gmx_mpi -nocopyright -nobackup" とする。
$ $GMX_MPI_D COMMAND #煩わしい出力が出なくなる
$ $GMX_MPI_D -quiet COMMAND #もっと減る（通常-quietを付...
$ $GMX_MPI_D COMMAND -h #help表示
** .cpt, .tpr, .xtcのファイルダンプなど [#r9daafa4]
#.cptファイルのダンプ
$ $GMX_MPI_D -quiet dump -cp npt.cpt | grep -v '^ \(x\...
なお、*-integralのところに、熱浴・圧力浴から系に出入りし...
#.tprファイルのダンプ
$ $GMX_MPI_D -quiet dump -s npt.tpr | grep -v \
'^ \+\(posres_xA\[\|posres_xB\[\|functype\[\|atom\[\...
#.xtcファイルのtimeなど情報表示
$ $GMX_MPI_D -quiet check -f md03UT.xtc
** .trrや.groから水分子などを除く [#v5b5ff0e]
$ gmx_mpi trjconv -f npt.trr -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f npt.gro -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f min.gro -s min.tpr -o min-nonwater....
繰り返して選択ができる、？？
$ gmx_mpi trjconv -f npt-nonwater.gro -s npt.tpr -o npt-...
$ trjconv -f spc216.gro -s spc216.gro -o spc216.gro.pdb ...
//-------------------------------------------------------...
* その他 [#c7df801a]
** フォーラムなど [#d2a4f3ab]
- https://www.gromacs.org/ の左メニュー
-- GROMACS forum ( https://gromacs.bioexcel.eu/ )あり。
-- Quick searchで mailing を探すと出る Developer Discussi...
-- User contributions https://www.gromacs.org/user_contri...
-- Tutorials and Webinars https://www.gromacs.org/tutoria...
** 入力の詳細(旧) [#hfa2fb0c]
- Flow Chart ( http://manual.gromacs.org/archive/4.6.1/on...
これとリンク先の Getting Started sectionが初めて学ぶには...
genboxは solvateに変更になっている。
また、フローチャートはこれ以前の版のドキュメントには無い...
- [[User guide ; GROMACS 2016.3 documentation>http://manu...
- [[Molecular dynamics parameters (.mdp options) ; GROMAC...
** チュートリアル的なもの [#a3a52c9f]
- [[GROMACS実習>http://www.scls.riken.jp/wp-content/uploa...
- [[アルゴンの分子動力学計算 ->http://d.hatena.ne.jp/m-a-...
- John.E.Kerriganによるチュートリアル(Gromacs ver 3.3.1) ...
- gromacsインストールの古いメモ [[LABO/GROMACS/oldinstall...
- [[ソフトウェア マニュアル・チュートリアル | HPCシステム...
マニュアルやチュートリアルなど（Gromacs以外のものもあり！）
//-------------------------------------------------------...
終了行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/GROMACS [#x792d3d8]
#contents
** 一行メモ [#r0ad4f29]
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/onlineh...
- http://manual.gromacs.org/documentation/current/referen...
-- メモ https://gromacs.bioexcel.eu/t/seemingly-unresolva...
- gromacs 2020は cmake 3.9.6以上、gcc 5.1以上が必要である...
- thread-MPI: gromacs独自のノード内のみで利用できるものの...
- https://qiita.com/hnishi/items/c6e8c0227aa7d2337993 trr...
- メモ gromacs.20204.mpi.avx256/share/gromacs/top -- &ne...
charmm27.ff heme-O2,CO
gromos43a1,a2 heme-cys
gromos45a3 heme-cys
gromos53a5,a6,a7 heme-CO
がありそうだ。HEM-HIS,METの何かのspecbond.datがありそう。
- [cf] CHARMM https://www.charmm.org/charmm/ → force fiel...
- ver2020.4 と SHA1=928497534c(2025/06/15のHEAD) の topデ...
-- 間違って入ってしまっている不要なファイルが消されている...
-- residuetypes.dat に "LYSN Protein" が追加されている
-- specbond.dat に "CYX SG 1 CYX SG 1 0.2 CYS2 CYS2" が...
-- charmm27.ff/aminoacids.c.tdb の atom typeが訂正されて...
-- gromacs{53a5,53a6,54a7}.ff/aminoacids.rtp で ACEのbond...
-- oplsaa.ff でいくつか訂正あり
- make_ndx https://qiita.com/tacoma/items/083ba58aabe56fc...
- トラジェクトリの変換 https://qiita.com/Ag_smith/items/d...
- 水のMD https://www.hpc.co.jp/tech-blog/2020/05/29/groma...
- メモ: trajconvで -fit と -pbc のオプションは同時には使...
- メモ、未確認 -- &new{2025-06-23 (月) 17:35:01};
tprファイルからgroファイルへの変換
editconf -f MD3.tpr -o MD3_ini_0.gro
pdbファイルへの変換（-sオプションにtemplateを指定、chain...
trjconv -f MD3.trr -s form3.pdb -skip 100 -o MD3_100fm_0...
vmd 60lla_md1.gro 60lla_md1.xtc
- vdwtype, vdw_type, vdw-type はすべて同じキーワードとみ...
- 同時に cutoff-scheme = Verlet (選択肢はこれのみ) と pbc...
- topファイル( genion_minequi.top )のchgをすべて 0.0に手...
- $ seq 51 | $GMX_MPI_D energy -f md03.part0003.edr -o ...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* 使い方 [#b5bc69e0]
** 練習文章(doxc)・フロー・サンプル [#ibfa384f]
- &ref(GROMACSの使い方_20250627.docx);
- &ref(gromacsのデータフロー20250627.pdf);
-- Miroボードへの共有リンク https://miro.com/app/board/uX...
(パスワードは、N...2..P...)
-- ボードのバックアップファイル &ref(gromacsのデータフロ...
-- Miro https://miro.com/
- ジョブスクリプトのサンプルの入手(2025/06/13現在)
$ git clone ssh://idrepgit@ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp/hom...
[作業ディレクトリ(略すとjobscript_coll)]
(パスワードはnamelessのcloneのときと同じ #0ivy0ShrdPwdA)
jobscript_coll/gmx_chignolin2020ディレクトリに、シニョリ...
中身を確認して使用する（どこで動かすかによりパス等の変更...
Justin A. Lemkul による Tutorials http://www.mdtutorials...
- alliumで gromacs (2020.4版)を使う(まとめ)
サンプルのRUN.{LIB, SETUP, MIN, NVT, NPT, MD, POST}など...
コマンドラインからプログラムを直接動かす場合には、次のい...
$ source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256/bin/GMXRC...
$ source /share/apps/gromacs.20204.mpi.avx256.dbl/bin/G...
$ source ./RUN.LIB
- VMDの使い方はこちら [[howto/vmd]]
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** チュートリアル [#e3124157]
- &color(red){Justin A. Lemkul}; による Tutorials http://...
//-------------------------------------------------------...
** マニュアル [#l86b5c7d]
- GROMACSのマニュアル http://manual.gromacs.org/ 各バージ...
search, &color(red){printable PDF};, User guide,
&color(red){Short How-To guides};,
Reference Manual, etc. がある。
search は、tau_t などではヒットしないので tau-t などで検...
-- ver2020.4 Quick search https://manual.gromacs.org/202...
--- ver2020.4のPDFのマニュアルはここ https://zenodo.org/r...
-- ver2020 documentation https://manual.gromacs.org/2020-...
-- current版 https://manual.gromacs.org/current/index.htm...
- winmostarによる説明 https://winmostar.com/jp/manual_jp/...
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* Tips [#gcf5e6c3]
** GMX_MPI_D のオプション [#v5ad2c68]
$ GMX_MPI_D="gmx_mpi -nocopyright -nobackup" とする。
$ $GMX_MPI_D COMMAND #煩わしい出力が出なくなる
$ $GMX_MPI_D -quiet COMMAND #もっと減る（通常-quietを付...
$ $GMX_MPI_D COMMAND -h #help表示
** .cpt, .tpr, .xtcのファイルダンプなど [#r9daafa4]
#.cptファイルのダンプ
$ $GMX_MPI_D -quiet dump -cp npt.cpt | grep -v '^ \(x\...
なお、*-integralのところに、熱浴・圧力浴から系に出入りし...
#.tprファイルのダンプ
$ $GMX_MPI_D -quiet dump -s npt.tpr | grep -v \
'^ \+\(posres_xA\[\|posres_xB\[\|functype\[\|atom\[\...
#.xtcファイルのtimeなど情報表示
$ $GMX_MPI_D -quiet check -f md03UT.xtc
** .trrや.groから水分子などを除く [#v5b5ff0e]
$ gmx_mpi trjconv -f npt.trr -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f npt.gro -s npt.tpr -o npt-nonwater....
$ gmx_mpi trjconv -f min.gro -s min.tpr -o min-nonwater....
繰り返して選択ができる、？？
$ gmx_mpi trjconv -f npt-nonwater.gro -s npt.tpr -o npt-...
$ trjconv -f spc216.gro -s spc216.gro -o spc216.gro.pdb ...
//-------------------------------------------------------...
* その他 [#c7df801a]
** フォーラムなど [#d2a4f3ab]
- https://www.gromacs.org/ の左メニュー
-- GROMACS forum ( https://gromacs.bioexcel.eu/ )あり。
-- Quick searchで mailing を探すと出る Developer Discussi...
-- User contributions https://www.gromacs.org/user_contri...
-- Tutorials and Webinars https://www.gromacs.org/tutoria...
** 入力の詳細(旧) [#hfa2fb0c]
- Flow Chart ( http://manual.gromacs.org/archive/4.6.1/on...
これとリンク先の Getting Started sectionが初めて学ぶには...
genboxは solvateに変更になっている。
また、フローチャートはこれ以前の版のドキュメントには無い...
- [[User guide ; GROMACS 2016.3 documentation>http://manu...
- [[Molecular dynamics parameters (.mdp options) ; GROMAC...
** チュートリアル的なもの [#a3a52c9f]
- [[GROMACS実習>http://www.scls.riken.jp/wp-content/uploa...
- [[アルゴンの分子動力学計算 ->http://d.hatena.ne.jp/m-a-...
- John.E.Kerriganによるチュートリアル(Gromacs ver 3.3.1) ...
- gromacsインストールの古いメモ [[LABO/GROMACS/oldinstall...
- [[ソフトウェア マニュアル・チュートリアル | HPCシステム...
マニュアルやチュートリアルなど（Gromacs以外のものもあり！）
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