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開始行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/GROMACS/oldinstallmemo [#lf7336b6]
#contents
** 一行メモ [#w831971d]
#comment
* gromacsインストール（ubuntu14の場合） [#n4a44b5c]
# gromacsのHP
# http://www.gromacs.org/
# 2017/05/16現在公開している版は 2016.3 released March...
# gromacsのgithubリポジトリ
# https://github.com/gromacs/gromacs
# ubuntuのパッケージ
# gromacs 4.6.5 2013-12-02 のようだ。
# 本家のリポジトリ
# cloneするとき→ $ git clone git://git.gromacs.org/grom...
# gitのweb interface → http://repo.or.cz/w/gromacs.git
# Redmine repository browser → http://redmine.gromacs.o...
$ pwd
/home/okazaki/tmp
$ git clone https://github.com/gromacs/gromacs
$ cd gromacs
$ git checkout v2016.3 #078ecb7e8 (HEAD, tag: v2016.3) ...
# インストール方法
# cloneしたソースにはほとんど記載なし(READMEファイルに...
# マニュアル http://manual.gromacs.org/documentation/2...
# を見る。
#（メモ）
# - マシン毎にコンパイルした方が速いらしい。
# - gccは 4.6以上
# - cmakeは 2.8.8以上
# - 例えば下記の cmake時のオプションは、マニュアルの「Ty...
# また、「Using FFTW」を見ると -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON...
# - 動的ロードバランシングされている（計算の最初でそれを...
$ hostname
ivy
$ cat /etc/lsb-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=14.04
DISTRIB_CODENAME=trusty
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 14.04.5 LTS"
$ gcc --version
gcc (Ubuntu 4.8.4-2ubuntu1~14.04.3) 4.8.4
$ g++ --version
g++ (Ubuntu 4.8.4-2ubuntu1~14.04.3) 4.8.4
$ cmake --version
cmake version 2.8.12.2
# なお予め openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-devパッケ...
$ pwd
/home/okazaki/tmp/gromacs
$ mkdir buildmpi; cd buildmpi
$ rm CMakeCache.txt #再度オプションを変えてcmakeするとき...
#前回cmakeしたときのオプションは記憶...
#もしくは、buildを削除して再び空のbu...
#（いずれにしても、コンパイルは最初...
$ cmake .. -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX...
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWN...
$ make && make check
$ sudo make install
#regressiontestをする
# マニュアルの「Testing GROMACS for correctness」部分を...
# make checkでも全く同じことが行われている？ #→同様の...
$ cd ..
$ pwd
/home/okazaki/tmp/gromacs
$ wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontest...
$ md5sum regressiontests-2016.3.tar.gz
bed92d1d9cdca66fbd2efa142b6e0dd3 regressiontests-2016.3...
$ tar xvfz regressiontests-2016.3.tar.gz
$ cd regressiontests-2016.3/
$ source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC
$ ./gmxtest.pl all -np 2
以上。ok？
使うときには、予め次をしておく。
$ source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC
使い方自体のマニュアル
http://manual.gromacs.org/documentation/2016.3/index.html
オンラインのマニュアル（上記のマニュアルと同じようだ）
$ gmx_mpi help hogehoge #hogehogeにはmdrunなどコマンド...
mdrunの並列計算の実行方法（マニュアルの記載）
http://manual.gromacs.org/documentation/2016.3/user-guid...
MPI版の実行方法の典型例
$ mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -s hoge.tpr -o ho...
======== 実行方法についてのメモ ========
gmx_mpiだと、単純に -ntmpi や -nt が使えないらしい。
$ gmx_mpi mdrun -ntmpi 4 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Fatal error:
Setting the total number of threads is only supported ...
GROMACS was compiled without thread-MPI
シリアル版では次のようにＯＫである。thread-MPIは４になる...
実質openMP？（アルゴリズムが違うだけ?）
$ gmx mdrun -ntmpi 4 -ntomp 2 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Using 4 MPI threads
Using 2 OpenMP threads per tMPI thread
また、-ntオプションは合計のスレッド＋プロセスらしいが...
$ gmx mdrun -nt 4 -ntomp 2 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Using 2 MPI threads
Using 2 OpenMP threads per tMPI thread
$ gmx mdrun -nt 4 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Using 1 MPI thread
Using 4 OpenMP threads
ivy(CPUは2core)で、cpeptide.pdbのdemoについて、最後のプ...
$ mpirun -np 1 gmx_mpi mdrun -ntomp 2 -s ${MOL}_md.tpr ...
1 1 ===> 2m32.219s
1 2 ===> 1m18.681s
2 1 ===> 1m23.386s
2 2 ===> 61m35.597s...
========以下は参考========
<<<<シリアル版の場合>>>>
$ mkdir buildsrl; cd buildsrl
$ rm CMakeCache.txt
$ cmake .. -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=off -DGM...
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWN...
$ make && make check
$ sudo make install
<<<MPI版の場合>>>
$ mkdir buildmdrunonly; cd buildmdrunonly
$ rm CMakeCache.txt
$ cmake .. -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX...
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_BUILD_MDRUN_ONL...
# GMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ONでは -DREGRESSIONTEST_DOWNLOA...
# GMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ONでは -DGMX_MPI=on は無効で gm...
$ make && make check
$ sudo make install #シリアル版と比べてgmx-completion-m...
#regressiontestをする
# マニュアルの「Testing GROMACS for correctness」部分を...
$ cd ..
$ pwd
/home/okazaki/tmp/gromacs
$ wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontest...
$ tar xvfz regressiontests-2016.3.tar.gz
$ cd regressiontests-2016.3/
$ source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC
./gmxtest.pl all -np 2 #うごかない、gmx_mpi必要と出る
./gmxtest.pl all #gmx mdrunがうごく。ほかも動いているら...
./gmxtest.pl all -mdrun mdrun_mpi #mdrun_mpiが動くが引...
ＭＰＩ版のみをビルド・インストールした方がすっきりするか。
<<<<その他メモ>>>
オプション
-DGMX_DOUBLE=OFF #倍精度はoff
-DGMX_GPU=OFF #GPUはoff
Intel Corei7-4770K 3.50GHz の場合は -DGMX_CPU_ACCELERAT...
-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON # G...
実行方法
gmx mdrun hogehoge
とかの使い方に変わったようだ（ver 5.1から古い流儀が無...
（mdrunやpdb2gmxなどは無くなった。mdrun_mpiは作れるよ...
ビルド情報の出力
gmx_mpi -version
Branched from: unknown と出るが、gromacs/cmake/gmxGe...
141行目あたりからセットされているが、意味がわからん...
終了行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/GROMACS/oldinstallmemo [#lf7336b6]
#contents
** 一行メモ [#w831971d]
#comment
* gromacsインストール（ubuntu14の場合） [#n4a44b5c]
# gromacsのHP
# http://www.gromacs.org/
# 2017/05/16現在公開している版は 2016.3 released March...
# gromacsのgithubリポジトリ
# https://github.com/gromacs/gromacs
# ubuntuのパッケージ
# gromacs 4.6.5 2013-12-02 のようだ。
# 本家のリポジトリ
# cloneするとき→ $ git clone git://git.gromacs.org/grom...
# gitのweb interface → http://repo.or.cz/w/gromacs.git
# Redmine repository browser → http://redmine.gromacs.o...
$ pwd
/home/okazaki/tmp
$ git clone https://github.com/gromacs/gromacs
$ cd gromacs
$ git checkout v2016.3 #078ecb7e8 (HEAD, tag: v2016.3) ...
# インストール方法
# cloneしたソースにはほとんど記載なし(READMEファイルに...
# マニュアル http://manual.gromacs.org/documentation/2...
# を見る。
#（メモ）
# - マシン毎にコンパイルした方が速いらしい。
# - gccは 4.6以上
# - cmakeは 2.8.8以上
# - 例えば下記の cmake時のオプションは、マニュアルの「Ty...
# また、「Using FFTW」を見ると -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON...
# - 動的ロードバランシングされている（計算の最初でそれを...
$ hostname
ivy
$ cat /etc/lsb-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=14.04
DISTRIB_CODENAME=trusty
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 14.04.5 LTS"
$ gcc --version
gcc (Ubuntu 4.8.4-2ubuntu1~14.04.3) 4.8.4
$ g++ --version
g++ (Ubuntu 4.8.4-2ubuntu1~14.04.3) 4.8.4
$ cmake --version
cmake version 2.8.12.2
# なお予め openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-devパッケ...
$ pwd
/home/okazaki/tmp/gromacs
$ mkdir buildmpi; cd buildmpi
$ rm CMakeCache.txt #再度オプションを変えてcmakeするとき...
#前回cmakeしたときのオプションは記憶...
#もしくは、buildを削除して再び空のbu...
#（いずれにしても、コンパイルは最初...
$ cmake .. -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX...
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWN...
$ make && make check
$ sudo make install
#regressiontestをする
# マニュアルの「Testing GROMACS for correctness」部分を...
# make checkでも全く同じことが行われている？ #→同様の...
$ cd ..
$ pwd
/home/okazaki/tmp/gromacs
$ wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontest...
$ md5sum regressiontests-2016.3.tar.gz
bed92d1d9cdca66fbd2efa142b6e0dd3 regressiontests-2016.3...
$ tar xvfz regressiontests-2016.3.tar.gz
$ cd regressiontests-2016.3/
$ source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC
$ ./gmxtest.pl all -np 2
以上。ok？
使うときには、予め次をしておく。
$ source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC
使い方自体のマニュアル
http://manual.gromacs.org/documentation/2016.3/index.html
オンラインのマニュアル（上記のマニュアルと同じようだ）
$ gmx_mpi help hogehoge #hogehogeにはmdrunなどコマンド...
mdrunの並列計算の実行方法（マニュアルの記載）
http://manual.gromacs.org/documentation/2016.3/user-guid...
MPI版の実行方法の典型例
$ mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -s hoge.tpr -o ho...
======== 実行方法についてのメモ ========
gmx_mpiだと、単純に -ntmpi や -nt が使えないらしい。
$ gmx_mpi mdrun -ntmpi 4 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Fatal error:
Setting the total number of threads is only supported ...
GROMACS was compiled without thread-MPI
シリアル版では次のようにＯＫである。thread-MPIは４になる...
実質openMP？（アルゴリズムが違うだけ?）
$ gmx mdrun -ntmpi 4 -ntomp 2 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Using 4 MPI threads
Using 2 OpenMP threads per tMPI thread
また、-ntオプションは合計のスレッド＋プロセスらしいが...
$ gmx mdrun -nt 4 -ntomp 2 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Using 2 MPI threads
Using 2 OpenMP threads per tMPI thread
$ gmx mdrun -nt 4 -s ${MOL}_md.tpr -o ...
Using 1 MPI thread
Using 4 OpenMP threads
ivy(CPUは2core)で、cpeptide.pdbのdemoについて、最後のプ...
$ mpirun -np 1 gmx_mpi mdrun -ntomp 2 -s ${MOL}_md.tpr ...
1 1 ===> 2m32.219s
1 2 ===> 1m18.681s
2 1 ===> 1m23.386s
2 2 ===> 61m35.597s...
========以下は参考========
<<<<シリアル版の場合>>>>
$ mkdir buildsrl; cd buildsrl
$ rm CMakeCache.txt
$ cmake .. -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=off -DGM...
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWN...
$ make && make check
$ sudo make install
<<<MPI版の場合>>>
$ mkdir buildmdrunonly; cd buildmdrunonly
$ rm CMakeCache.txt
$ cmake .. -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX...
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_BUILD_MDRUN_ONL...
# GMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ONでは -DREGRESSIONTEST_DOWNLOA...
# GMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ONでは -DGMX_MPI=on は無効で gm...
$ make && make check
$ sudo make install #シリアル版と比べてgmx-completion-m...
#regressiontestをする
# マニュアルの「Testing GROMACS for correctness」部分を...
$ cd ..
$ pwd
/home/okazaki/tmp/gromacs
$ wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontest...
$ tar xvfz regressiontests-2016.3.tar.gz
$ cd regressiontests-2016.3/
$ source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC
./gmxtest.pl all -np 2 #うごかない、gmx_mpi必要と出る
./gmxtest.pl all #gmx mdrunがうごく。ほかも動いているら...
./gmxtest.pl all -mdrun mdrun_mpi #mdrun_mpiが動くが引...
ＭＰＩ版のみをビルド・インストールした方がすっきりするか。
<<<<その他メモ>>>
オプション
-DGMX_DOUBLE=OFF #倍精度はoff
-DGMX_GPU=OFF #GPUはoff
Intel Corei7-4770K 3.50GHz の場合は -DGMX_CPU_ACCELERAT...
-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON # G...
実行方法
gmx mdrun hogehoge
とかの使い方に変わったようだ（ver 5.1から古い流儀が無...
（mdrunやpdb2gmxなどは無くなった。mdrun_mpiは作れるよ...
ビルド情報の出力
gmx_mpi -version
Branched from: unknown と出るが、gromacs/cmake/gmxGe...
141行目あたりからセットされているが、意味がわからん...
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