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開始行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/OpenMX [#hea71ce8]
#contents
** 一行メモ [#a14ed9f3]
- ver 3.9～3.9.2が出ている。（特にversion upが必要とは思...
#comment
* OpenMXの使い方 [#l5aecce4]
以下のファイルを参照のこと。
- 更新版
#ref(OpenMXの使い方_20190415b.docx)
- 旧版
~紙媒体(2017/06/20)は破棄した
* githubリポジトリ [#w15e5bf6]
https://github.com/okazakii/openmx にリポジトリを作成した。
ここには ver3.6～ver3.8.5（2019/04/09現在）のソースが含ま...
取得方法
$ git clone https://github.com/okazakii/openmx.git openm...
$ cd openmx_github/
$ git checkout --track origin/labomaster #labomasterブ...
* メモ [#b35739dd]
OpenMX ver 3.6.1 に関するメモ（2012年）
-runtestL で、GGFF.dat と N1C999.dat の結果がおかしい...
ソースコードは約38万行。
OpenMXの入力キーワードにスペルミスがある場合、そのまま...
固有値計算にBand法を選択した状態で、DFT-D2法(dftD=on)...
は問題無く動く。
gccに -ffast-mathがあり。インテルMKLやACMLが利用できる？...
* OpenMXのインストール [#a5d533a4]
** コンパイル・インストール [#te628744]
OpenMPI, FFTW3, LAPACK, BLASがインストールされていること。
（以下では ScaLAPACK版はコンパイルしない。するときには、...
$ pwd
/opt/openmx3.8.3
$ tar xvfz openmx3.8.tar.gz
$ mv openmx3.8/* . ; rmdir openmx3.8/
$ cp -Rip work work.org #オリジナルのテストが入っている...
#コピーしておく
$ cd source/
$ tar xvfz ../patch3.8.3.tar.gz
づづいて、
makefileを makefile.orgとしてバックアップしておく。
makefileを次のように変更する。
(1) OSに合わせて、CC,FC,LIBを変更。
メモ：-staticを付けたいが、付け方不明
# ubuntu 14.04.4 LTS (use OpenMPI)
CC = mpicc -O3 -fopenmp -Wno-unused-result
FC = mpif90 -O3 -fopenmp
#LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_f90 -lmpi_f77 ...
LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_f90 -lmpi_f77 -...
または
# ubuntu 16.04.2 LTS (use OpenMPI)
CC = mpicc -O3 -fopenmp -Wno-unused-result
FC = mpif90 -O3 -fopenmp
#LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_mpifh -lmpi_us...
LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_mpifh -lmpi_use...
(2) CFLAGの -gを削除。
CFLAGS =
(3) PROGと opemmx:, install:, all:のルールを変更
PROG = openmxgmo #いくつか種類を用意することに備え...
#openmxからopenmxgmoに変更
$(PROG): $(OBJS)
$(CC) $(OBJS) $(STACK) $(LIB) -lm -o $(PROG)
install: $(PROG)
strip $(PROG)
cp -p $(PROG) $(DESTDIR)/$(PROG)
all: $(PROG) $(UTIL)
cp -p $(PROG) $(UTIL) $(DESTDIR)/
と４か所変更する。
$ make all
コンパイルされたopenmxgmoといくつかのツールプログラムが ...
入る（コピーされる）。
○ テストラン
$ pwd
/opt/openmx3.8.3/work
$ mpirun -np 1 openmxgmo Methane.dat -nt 1 > met.std
$ diff ../work.org/input_example/Methane.out met.out |less
$ mpirun -np 1 openmxgmo -runtest -nt 2 #ivyのとき。hyd...
$ mpirun -np 8 openmxgmo -runtestL -nt 1 #hydrangeaのと...
出力されるruntest.resultやruntestL.resultを見て、diffを...
-testrunは input_example/*.datを読み込んで実行するらしい。
-testrunLは large_example/*.datを読み込んで、-runtestの...
（計算結果のみチェック、他はしていない。ノード内のみ実行...
○ 実行環境
実行環境を設定するためのシェルスクリプトは特に無い。/opt...
/opt/openmx3.8.3/source に作られた 以下のopenmxgmoやツー...
DosMain
analysis_example
bandgnu13
bin2txt
cube2xsf
esp
intensity_map
jx
md2axsf
openmxgmo
polB
○ コンパイルの条件の違いにより次のロードモジュールを作成
- openmxgmo
- openmxgmoa
- openmxgmsa（2013/01/31以後使わないようにする）
- openmxgms（2012/12/04以後使わないようにする）
- openmxgss（2012/12/04以後使わないようにする）
意味:
openmxgmsa
~~~~~~||||
|||Nothing(original ver) / a(modified ver)
|||
||OpenMP o(yes) / s(no)
||
|MPICH m(yes) / s(no) / p(yes & ScaLapack ver)
|
Compier g(gcc) / p(pgcc)
○ ver 3.6.1に関すること
sourceディレクトリで以下のツールをコンパイルし、workにコ...
$ make DosMain # ../workにDosMainがコピーもされる
$ gcc bandgnu13.c -lm -o bandgnu13
$ cd ../work
$ ln -s ../source/bandgnu13 # 手動で../workにコピー
○ OpenMXの実行方法
$ mpirun -np N openmx hoge.dat -nt M > hoge.std
（NはMPI並列化(process)数、MはOpenMP並列化(thread)数であ...
required memoryを小さくしなければならない時は、M=4あた...
* ADPACKのインストール [#ja5c7e0a]
adpack2.2/source で make install すると ../work にロード...
ようにする。また、いくつかワーニングが出る。バグもあるので
#ref(changelog_20160517.txt)
のように修正する。
なお、adpackはスタックに大きな配列を取っているので、実行...
# for tappi
CC = gcc -Dnoomp -std=c99 -O3
LIB = /usr/lib64/liblapack.so.3 /usr/lib64/libblas.s...
# for ubuntu14.04 (require: ulimit -s unlimited , for ad...
CC = gcc -Dnoomp -std=c99 -O3
LIB = -llapack -lblas
## for Rocks6.2
#CC = gcc -Dnoomp -std=c99 -O3
#LIB = /usr/lib64/liblapack.so.3 /usr/lib64/libblas....
../workにある多数の入力データ（*.inp）は混乱しないように...
実行方法
$ ./adpack C0.inp
デフォルトで C0.aden, C0.alog, C0.so, C0(リスタートファ...
adpack2.1も同様。ただし vps.type MBKは使えない。
adpack2.2は、repgit/adpack2.2.gitリポジトリに入れた。201...
* bandgnu13, DosMain [#fc2d0e92]
$ bandgnu13 hoge.Band
# hoge.GNUBAND と hoge.BANDDAT1 (と down-spinの hoge.B...
$ DISPLAY=hogehoge:0 gnuplot hoge.GNUBAND
$ DosMain NaCl.Dos.val NaCl.Dos.vec
# 下のような質問に答える
Max of Spe_Total_CNO = 13
1 1 101 102 103 101 102 103
1 1 101 102 103 101 102 103 201 202 203 204 205
<NaCl.Dos.val>
<NaCl>
Which method do you use?, Tetrahedron(1), Gaussian Broad...
2
Please input a value of gaussian (double) (eV)
0.2
Do you want Dos(1) or PDos(2)?
1
<Dos_Gaussian> start
<Dos_Gaussian> make NaCl.DOS.Gaussian
Gaussian width=17
$
# NaCl.DOS.Gaussianなどのファイルが作成されるので、exc...
* OpenMXの入力 [#s1520509]
level.of.stdout 1 # 1-3;default=1, 2や3はデバック出力
level.of.fileout 2 # 0-2;default=1, 1にすると.outの...
0にすると.outは...
* リンク [#je316c6f]
- [[OpenMX website>http://www.openmx-square.org/]]~
OpenMX
- [[Database (2013) of optimized VPS and PAO of OpenMX>ht...
このページの説明はありません。
- [[OpenMX Forum>http://www.openmx-square.org/forum/patio...
このページの説明はありません。
- [[OpenMX memo (準備中) - Toyoda Masayuki>https://sites....
このページの説明はありません。
- [[Video Lectures>http://www.openmx-square.org/video_lec...
Publications
- [[Atomic Reference Data for Electronic Structure Calcul...
These tables contain the atomic total energies and orbita...
終了行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/OpenMX [#hea71ce8]
#contents
** 一行メモ [#a14ed9f3]
- ver 3.9～3.9.2が出ている。（特にversion upが必要とは思...
#comment
* OpenMXの使い方 [#l5aecce4]
以下のファイルを参照のこと。
- 更新版
#ref(OpenMXの使い方_20190415b.docx)
- 旧版
~紙媒体(2017/06/20)は破棄した
* githubリポジトリ [#w15e5bf6]
https://github.com/okazakii/openmx にリポジトリを作成した。
ここには ver3.6～ver3.8.5（2019/04/09現在）のソースが含ま...
取得方法
$ git clone https://github.com/okazakii/openmx.git openm...
$ cd openmx_github/
$ git checkout --track origin/labomaster #labomasterブ...
* メモ [#b35739dd]
OpenMX ver 3.6.1 に関するメモ（2012年）
-runtestL で、GGFF.dat と N1C999.dat の結果がおかしい...
ソースコードは約38万行。
OpenMXの入力キーワードにスペルミスがある場合、そのまま...
固有値計算にBand法を選択した状態で、DFT-D2法(dftD=on)...
は問題無く動く。
gccに -ffast-mathがあり。インテルMKLやACMLが利用できる？...
* OpenMXのインストール [#a5d533a4]
** コンパイル・インストール [#te628744]
OpenMPI, FFTW3, LAPACK, BLASがインストールされていること。
（以下では ScaLAPACK版はコンパイルしない。するときには、...
$ pwd
/opt/openmx3.8.3
$ tar xvfz openmx3.8.tar.gz
$ mv openmx3.8/* . ; rmdir openmx3.8/
$ cp -Rip work work.org #オリジナルのテストが入っている...
#コピーしておく
$ cd source/
$ tar xvfz ../patch3.8.3.tar.gz
づづいて、
makefileを makefile.orgとしてバックアップしておく。
makefileを次のように変更する。
(1) OSに合わせて、CC,FC,LIBを変更。
メモ：-staticを付けたいが、付け方不明
# ubuntu 14.04.4 LTS (use OpenMPI)
CC = mpicc -O3 -fopenmp -Wno-unused-result
FC = mpif90 -O3 -fopenmp
#LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_f90 -lmpi_f77 ...
LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_f90 -lmpi_f77 -...
または
# ubuntu 16.04.2 LTS (use OpenMPI)
CC = mpicc -O3 -fopenmp -Wno-unused-result
FC = mpif90 -O3 -fopenmp
#LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_mpifh -lmpi_us...
LIB= -llapack -lblas -lfftw3 -lmpi -lmpi_mpifh -lmpi_use...
(2) CFLAGの -gを削除。
CFLAGS =
(3) PROGと opemmx:, install:, all:のルールを変更
PROG = openmxgmo #いくつか種類を用意することに備え...
#openmxからopenmxgmoに変更
$(PROG): $(OBJS)
$(CC) $(OBJS) $(STACK) $(LIB) -lm -o $(PROG)
install: $(PROG)
strip $(PROG)
cp -p $(PROG) $(DESTDIR)/$(PROG)
all: $(PROG) $(UTIL)
cp -p $(PROG) $(UTIL) $(DESTDIR)/
と４か所変更する。
$ make all
コンパイルされたopenmxgmoといくつかのツールプログラムが ...
入る（コピーされる）。
○ テストラン
$ pwd
/opt/openmx3.8.3/work
$ mpirun -np 1 openmxgmo Methane.dat -nt 1 > met.std
$ diff ../work.org/input_example/Methane.out met.out |less
$ mpirun -np 1 openmxgmo -runtest -nt 2 #ivyのとき。hyd...
$ mpirun -np 8 openmxgmo -runtestL -nt 1 #hydrangeaのと...
出力されるruntest.resultやruntestL.resultを見て、diffを...
-testrunは input_example/*.datを読み込んで実行するらしい。
-testrunLは large_example/*.datを読み込んで、-runtestの...
（計算結果のみチェック、他はしていない。ノード内のみ実行...
○ 実行環境
実行環境を設定するためのシェルスクリプトは特に無い。/opt...
/opt/openmx3.8.3/source に作られた 以下のopenmxgmoやツー...
DosMain
analysis_example
bandgnu13
bin2txt
cube2xsf
esp
intensity_map
jx
md2axsf
openmxgmo
polB
○ コンパイルの条件の違いにより次のロードモジュールを作成
- openmxgmo
- openmxgmoa
- openmxgmsa（2013/01/31以後使わないようにする）
- openmxgms（2012/12/04以後使わないようにする）
- openmxgss（2012/12/04以後使わないようにする）
意味:
openmxgmsa
~~~~~~||||
|||Nothing(original ver) / a(modified ver)
|||
||OpenMP o(yes) / s(no)
||
|MPICH m(yes) / s(no) / p(yes & ScaLapack ver)
|
Compier g(gcc) / p(pgcc)
○ ver 3.6.1に関すること
sourceディレクトリで以下のツールをコンパイルし、workにコ...
$ make DosMain # ../workにDosMainがコピーもされる
$ gcc bandgnu13.c -lm -o bandgnu13
$ cd ../work
$ ln -s ../source/bandgnu13 # 手動で../workにコピー
○ OpenMXの実行方法
$ mpirun -np N openmx hoge.dat -nt M > hoge.std
（NはMPI並列化(process)数、MはOpenMP並列化(thread)数であ...
required memoryを小さくしなければならない時は、M=4あた...
* ADPACKのインストール [#ja5c7e0a]
adpack2.2/source で make install すると ../work にロード...
ようにする。また、いくつかワーニングが出る。バグもあるので
#ref(changelog_20160517.txt)
のように修正する。
なお、adpackはスタックに大きな配列を取っているので、実行...
# for tappi
CC = gcc -Dnoomp -std=c99 -O3
LIB = /usr/lib64/liblapack.so.3 /usr/lib64/libblas.s...
# for ubuntu14.04 (require: ulimit -s unlimited , for ad...
CC = gcc -Dnoomp -std=c99 -O3
LIB = -llapack -lblas
## for Rocks6.2
#CC = gcc -Dnoomp -std=c99 -O3
#LIB = /usr/lib64/liblapack.so.3 /usr/lib64/libblas....
../workにある多数の入力データ（*.inp）は混乱しないように...
実行方法
$ ./adpack C0.inp
デフォルトで C0.aden, C0.alog, C0.so, C0(リスタートファ...
adpack2.1も同様。ただし vps.type MBKは使えない。
adpack2.2は、repgit/adpack2.2.gitリポジトリに入れた。201...
* bandgnu13, DosMain [#fc2d0e92]
$ bandgnu13 hoge.Band
# hoge.GNUBAND と hoge.BANDDAT1 (と down-spinの hoge.B...
$ DISPLAY=hogehoge:0 gnuplot hoge.GNUBAND
$ DosMain NaCl.Dos.val NaCl.Dos.vec
# 下のような質問に答える
Max of Spe_Total_CNO = 13
1 1 101 102 103 101 102 103
1 1 101 102 103 101 102 103 201 202 203 204 205
<NaCl.Dos.val>
<NaCl>
Which method do you use?, Tetrahedron(1), Gaussian Broad...
2
Please input a value of gaussian (double) (eV)
0.2
Do you want Dos(1) or PDos(2)?
1
<Dos_Gaussian> start
<Dos_Gaussian> make NaCl.DOS.Gaussian
Gaussian width=17
$
# NaCl.DOS.Gaussianなどのファイルが作成されるので、exc...
* OpenMXの入力 [#s1520509]
level.of.stdout 1 # 1-3;default=1, 2や3はデバック出力
level.of.fileout 2 # 0-2;default=1, 1にすると.outの...
0にすると.outは...
* リンク [#je316c6f]
- [[OpenMX website>http://www.openmx-square.org/]]~
OpenMX
- [[Database (2013) of optimized VPS and PAO of OpenMX>ht...
このページの説明はありません。
- [[OpenMX Forum>http://www.openmx-square.org/forum/patio...
このページの説明はありません。
- [[OpenMX memo (準備中) - Toyoda Masayuki>https://sites....
このページの説明はありません。
- [[Video Lectures>http://www.openmx-square.org/video_lec...
Publications
- [[Atomic Reference Data for Electronic Structure Calcul...
These tables contain the atomic total energies and orbita...
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