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#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/ParaView [#w53100b2]
#contents
** コメント [#b187a255]
- コンパイル方法？ https://www.paraview.org/Wiki/ParaView...
- コンパイル方法 https://gitlab.kitware.com/paraview/para...
- Intelのグラフィックスドライバを調べる https://www.intel...
- linuxでのOpenGLバージョン確認: glxinfo | grep "OpenGL v...
- ParaViewで保存したマクロは ~/.config/ParaView/Macros に...
- 位相(phase)でcontourにColoringするとき、プロパティの歯...
- AnnotateTimeFilterにScaleという項目があり、時刻をスケー...
- AnnotateAttributeDataで等値面の値を表示できるようだ。 -...
- File->disconnectでパイプラインをリセットするらしい。 --...
- ParaView起動後に、~/.config/ParaView/Macrosにファイルを...
- ParaViewでは、ParaViewで用意されているインスタンスやQt...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* 基本 [#u3ef1dd5]
** 本家・チュートリアル [#zf35b7be]
- https://www.paraview.org/
- https://www.paraview.org/documentation/ (ParaView Gu...
-- https://public.kitware.com/Wiki/ParaView_Self-directed...
-- https://www.paraview.org/community-support (Forum, ...
- https://paraview-ja.readthedocs.io/ja/latest/ ParaView...
-- 自習チュートリアル(2025/05/19版) ( https://orange.eit....
*** VTKのサンプルデータと扱い方 [#s9b30c04]
- https://github.com/open-cv/VTKData
- https://github.com/open-cv/VTKLargeData
- 大嶋拓也, ParaView導入ガイド, https://www.jstage.jst.go...
- Introduction to Python and VTK, https://user.it.uu.se/~...
- Welcome to VTK’s documentation! https://docs.vtk.org/en...
- https://vtk.org/wp-content/uploads/2021/08/VTKUsersGuid...
** データの流れ・サポートするレンダリング [#x509775f]
- Source → Filter → Mapper → Renderer
- Rendering techniques
-- Images (2D)
-- Points, lines (2D, 3D)
-- Polygonal geometry (2D, 3D)
-- Volume rendering (3D)
** alliumでのParaViewの起動 [#k99ef49a]
4.4の場合（古いので使わない方針）~
/share/apps/ParaView-4.4.0-Qt4-Linux-64bit/bin/paraview
Quartzを使ってウィンドウを引っぱると、エラーで出来ない。-...
5.11の場合
/share/apps/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_...
- PyQt5パッケージを利用する場合は
PVETC=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pylib #for PyQt5
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PVETC
PYTHONPATH=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pypkg #for PyQt5
PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/yourname/yourpackage #for y...
export PYTHONPATH
を paraview起動前に設定する。
（ParaView-5.11.0は内部に持つ python 3.9.13を使っている...
(メモ)
- ParaView-5.11-etc/pypkgには、anaconda3/envs/py3913にイ...
リンクを置いてある。
- ParaView-5.11-etc/pylibには、anaconda3/envs/py3913/lib...
ある（PyQt5の実行時に /lib64/libstdc++.so.6から CXXABI_1...
ものを使用）。
- クライアント-サーバとしての利用はたとえば次のようにする。
#!/bin/bash --norc
#$-S /bin/bash
#$-q pan.q@compute-0-1
#$-cwd
#$-j y
#$-pe mpi 4
# ParaViewを server-client で実行するとき、このサブミッ...
#-------------------------------------------------------...
# #==== for 4.4 ============================
# PVDIR=/share/apps/ParaView-4.4.0-Qt4-Linux-64bit/lib/p...
# export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PVDIR
#
# cd $PVDIR
# ./mpiexec ./pvserver --use-offscreen-rendering -rc --c...
# --disable-xdisplay-test
#
# # 接続例: サブミットジョブ(pvserver) -> paraview on wi...
# # paraview client, Connect in the menu icons -> Add Se...
# # Name: allium
# # Server Type: Client/Server (reverse connect)
# # Host: localhost
# # Port: 11111
# # then, Configure -> Save (setup and save only once at...
# # ->select configuration saved -> Connect
# # - server is done after client is finished.
# # - you must connect to the server within about one mi...
# # - you can check the port to connect with netstat -n...
# # - 4.4では、File->Openは pvserver上のものが見えるが、...
#==== for 5.11 and PyQt5 ===================
PVDIR=/share/apps/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3....
PVETC=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pylib ...
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PVETC:$PVDIR
PYTHONPATH=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pypkg ...
PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/okazaki/paraview511test/myp...
export PYTHONPATH
cd $PVDIR
./mpiexec ./pvserver --force-offscreen-rendering --rc -...
# 接続例: サブミットジョブ(pvserver) -> paraview on alli...
# paraview client, Connect in the menu icons -> Add Server
# Name: allium <== reverse connectのときはRevConn...
# Server Type: Client/Server (reverse connect)
# Host: localhost <== reverse connectのときはこの選...
# Port: 11111
# then, Configure -> Save (setup and save only once at t...
# ->select configuration saved -> Connect (wait about on...
# - server is done after client is finished.
# - you must connect to the server within about one mini...
# - you can check the port to connect with netstat -na ...
# - you can specify a port number 11111 by --server-port...
# - "Display is not accessible on the server side. Remot...
# 出る場合があるが気にしない(Xサーバに依存)、pvserver ...
-- クライアント-サーバの接続はたまに失敗する？
-- クライアントがVPN接続していた場合はサーバ側から接続で...
--- たぶん上の Server Typeが Client/Server (reverse conne...
-- qloginを利用して mpiexec pvserver を起動すると１並列で...
** デフォルトのPYTHONPATH [#ifdf47da]
ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/bin/pvpyt...
（ふつうのpythonと同じ）
>>> import sys, pprint; pprint.pprint(sys.path)
['',
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/bin/parav...
（空ディレクトリは無し）
>>> import sys, pprint; pprint.pprint(sys.path)
['/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
//-------------------------------------------------------...
* レイアウトやカメラ [#n9c73a82]
** 遠近法・平行投影 の変更 [#i4aa702d]
何でもよいのでパイプラインの
オブジェクト(パイプラインノード, ソース, フィルタ, プロキ...
プロパティを表示する。
プロパティの下の方にある Camera Parallel Projectionのチェ...
(ver4.4だと、プロパティの歯車(adv prop)を押して詳細プロパ...
** Layout (Render View)の分割 [#f26a904c]
"Render View 1"などと表示されているところの、右のアイコン...
繰り返し分割ができる。
** Ajust Camera (カメラ位置の操作) [#ub8591f3]
Layout #nの下のカメラアイコン(カメラに鉛筆の絵、Ajust Cam...
→上の方にある青色の「＋」アイコンで、現在のカメラ位置を保...
さらに「＋」アイコンの右のConfigureボタンで viewpoint名の...
なお、保存されたカメラ位置は、次回paraview起動時にも利...
（一番上のアイコンバーに「カメラ+数字」のアイコンが追加さ...
別途、Configureボタンで、カメラ位置をファイルに Saveでき...
** 複数のビューのカメラを同期 [#a657fb83]
２つビューがあり、片方が選択されている状態で、
Toolsメニュー->Add Camera Link->ウィンドウが出る。選択さ...
これにより２つのビューのカメラが同期される。
同期を解除するには、Tools->Manage Linksで、CameraLink0と...
選択して削除する。
//-------------------------------------------------------...
* フィルタ [#ia29c97b]
** ExtractSubset ボリュームデータの範囲を狭めかつ間引く [...
- V OIのところで範囲指定
- 詳細(歯車アイコン)を表示してSample Rateのところで間引き...
** Slice 色付きで断面を描く [#zf5c0313]
- どの値で色を付けるのかは選択可（Ψの位相とかみるとおもし...
** PlotOverLine ボリュームデータで直線に沿った値をグラフ...
*** マウスを使った拡大縮小等 [#xa13c64c]
右ボタンをドラッグで拡大縮小、左ボタンをドラッグで平行移...
中ボタンを回転で拡大縮小する。
*** 横軸をX座標にする [#j5543c20]
デフォルトで端からの距離になっているらしく、X座標にするに...
プロパティで、X Array Nameを arc_lengthではなく Points_x...
*** 縦軸の最大・最小を固定する [#fa5929da]
Propertiesタブで、
Left Axis Range（縦軸）の Left Axis Use Custom Range をチ...
最小・最大を入力する。
Bottom Axis（横軸）についても同様に設定できる。
対数スケールもできるが、プロットされるデータに
ゼロ以下が含まれると、ワーニングは出るが、対数スケールで...
その後のLeft Axisのスケールの挙動も怪しい。
** メモ [#w7fe57f9]
- Textソースで、注釈を；Outlineフィルターで、境界を表示で...
- Glyphモジュールで、矢印とかつくれる
- MaskPointsフィルターで、点（グリッド？）の数を減らすこ...
- lineソースで、streamlinesを作れるようだ
- Calculatorフィルターで、勾配を計算できる
//-------------------------------------------------------...
* Tips [#cded2dac]
** Auto Apply [#uc0478b7]
Editメニュー→Generalで、Auto Applyをチェックする。
等値面の値など、設定を変えてあとにいちいちApplyボタンを押...
** パラメータを変更しつつアニメーションをする [#fe2648a2]
- Viewメニュー→Animation Viewで、変更するものを＋を押して...
→最初と最後のパラメータを設定する。
** avi動画ファイルを作る [#i7508653]
File->Save Animation->ファイル名を入れてOK->
必要に応じて、Save All Viewsをチェック(全てのLayoutを含め...
する->OK
//-------------------------------------------------------...
* 他 [#s68cbfa5]
** cubeファイルの読み込みに関する不具合 [#x82baec2]
- cubeファイルのコメント行に、「:」があると異常終了する（...
- cubeファイルを読み込むと、「Change Interaction Mode」が...
3Dに変更できる。（H2Oの5番目のMOのcubeで確認。nltrjrst2cu...
- cubeファイルに、原子数が１個だけしかない場合、
「Resetting view-up since view plane normal is parallel」...
- g16のformchkでは、cubeファイルの三行目の５番目に、cube...
ParaView 4.4でcubeデータを読み込めない。含まれるcubedデー...
よい。
** 連番のvtkファイルの読み込みとアニメーション [#p0ba5823]
- 別紙参照。
** 時間で移動する物体作成 [#hcc693e0]
[[時間毎に移動する物体（矢印などが可）>https://www.rccm.c...
(操作概要) Pipelineで、sourceのオブジェクトに Transform...
Viewメニュー→Animation Viewで そのTransformに...
上に出てきた項目をダブルクリックして、動作の...
Playボタンで動く。
** Programable Sourceを使ってzの偏角表示 [#l52a0bbf]
[[Programable Sourceの使い方（リーマンζ関数のvtkImageData...
例） RenderViewに、複素平面の各zについて偏角の値(カラー...
図のような表示をする場合、下の(1)から(4)までをする。
# (1) set Output Data Set Type to vtkImageData
# (2) put the followings into "Script (Requestinformatio...
from paraview import util
nx, ny, nz = 100, 100, 1
util.SetOutputWholeExtent( self, [ 0, nx-1, 0, ny-1, 0, ...
# (3) put the followings into "Script"
import math
xmin, ymin, zmin = -5.0, -5.0, 0.0
xgs, ygs, zgs = 0.1, 0.1, 1.0
nx, ny, nz = 100, 100, 1
zdata = vtk.vtkDoubleArray()
zdata.SetName( "zdata" )
zdata.SetNumberOfComponents( 1 )
zdata.SetNumberOfTuples( nx*ny*nz )
i = 0
for iz in range( 0, nz ):
for iy in range( 0, ny ):
for ix in range( 0, nx ):
#このループ順で０から順番に対応
zdata.SetTuple1( i, math.atan2( ymin+ygs*iy,...
i = i + 1
out = self.GetOutput()
out.SetOrigin( xmin, ymin, zmin )
out.SetSpacing( xgs, ygs, zgs )
out.SetDimensions( nx, ny, nz )
out.GetPointData().AddArray( zdata )
# (4) set Coloring to zdata, with nic_Edge, and rescale ...
# and, set Representation to Surface LIC
# ただのSurfaceだと-Pi～Piを補間され黒でなく白線にな...
&ref(phase_of_z.png,left,70%,nowrap);~
なお、図中の矢印は別の機能で作成している。
//-------------------------------------------------------...
* 古い情報 [#l3857a24]
pdbの読み込みの不具合 ~
- Paraview 4.0.1, 4.4.0 (Windows7) でpdbが読み込まれずに...
ただし、選択肢のうちVisItで読み込むと座標だけは読み込める...
ASPIRE 5750によるparaview 5.0.1, 5.1.2, 5.2.0 ~
- paraview 5.0.1, 5.1.2, 5.2.0 は、ASPIRE 5750で、OpenGL ...
警告が出て、続けて使うと異常終了して使えない。
- 5.3 がリリースされている（未テスト）。
- ParaView-5.8.0-Windows-Python3.7-msvc2015-64bit.exe は...
ParaViewが起動せずに、異常終了する場合の対処法 ~
- ~/.config/ParaViewの.iniファイルを消すとよい場合がある。
- Load Stateをするとき、ParaView5.11.0-RC2のウィンドウが...
が発生するようだ。（alliumのParaView5.11をXmingでwindows1...
VcXsrvを利用するとエラーは発生しなく正常に動く。
（また、FiltersメニューのAlphabeticalで発生していた落ちる...
-- .pvsmファイルに依り再現性は無い
-- .psvmを一度正常に読み込んだら、その後は落ちない？
- Xmingの代わりに、VcXsrvを使うとgaussian16のgvが正常に表...
-- gv -soft とすると正常に表示される。
//-------------------------------------------------------...
* pvpython [#t074504d]
簡単な例
$ /share/apps/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x8...
>>> from paraview.simple import *
>>> cone=Cone()
>>> shrinkFilter = Shrink(cone)
>>> Show(shrinkFilter)
>>> Render()
で画像を表示できる。
レンダリングされた画像のみ。いろいろするとマウスで操作で...
#ref(pvpythonの例1.png,left,50%,nowrap)
//-------------------------------------------------------...
終了行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/ParaView [#w53100b2]
#contents
** コメント [#b187a255]
- コンパイル方法？ https://www.paraview.org/Wiki/ParaView...
- コンパイル方法 https://gitlab.kitware.com/paraview/para...
- Intelのグラフィックスドライバを調べる https://www.intel...
- linuxでのOpenGLバージョン確認: glxinfo | grep "OpenGL v...
- ParaViewで保存したマクロは ~/.config/ParaView/Macros に...
- 位相(phase)でcontourにColoringするとき、プロパティの歯...
- AnnotateTimeFilterにScaleという項目があり、時刻をスケー...
- AnnotateAttributeDataで等値面の値を表示できるようだ。 -...
- File->disconnectでパイプラインをリセットするらしい。 --...
- ParaView起動後に、~/.config/ParaView/Macrosにファイルを...
- ParaViewでは、ParaViewで用意されているインスタンスやQt...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* 基本 [#u3ef1dd5]
** 本家・チュートリアル [#zf35b7be]
- https://www.paraview.org/
- https://www.paraview.org/documentation/ (ParaView Gu...
-- https://public.kitware.com/Wiki/ParaView_Self-directed...
-- https://www.paraview.org/community-support (Forum, ...
- https://paraview-ja.readthedocs.io/ja/latest/ ParaView...
-- 自習チュートリアル(2025/05/19版) ( https://orange.eit....
*** VTKのサンプルデータと扱い方 [#s9b30c04]
- https://github.com/open-cv/VTKData
- https://github.com/open-cv/VTKLargeData
- 大嶋拓也, ParaView導入ガイド, https://www.jstage.jst.go...
- Introduction to Python and VTK, https://user.it.uu.se/~...
- Welcome to VTK’s documentation! https://docs.vtk.org/en...
- https://vtk.org/wp-content/uploads/2021/08/VTKUsersGuid...
** データの流れ・サポートするレンダリング [#x509775f]
- Source → Filter → Mapper → Renderer
- Rendering techniques
-- Images (2D)
-- Points, lines (2D, 3D)
-- Polygonal geometry (2D, 3D)
-- Volume rendering (3D)
** alliumでのParaViewの起動 [#k99ef49a]
4.4の場合（古いので使わない方針）~
/share/apps/ParaView-4.4.0-Qt4-Linux-64bit/bin/paraview
Quartzを使ってウィンドウを引っぱると、エラーで出来ない。-...
5.11の場合
/share/apps/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_...
- PyQt5パッケージを利用する場合は
PVETC=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pylib #for PyQt5
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PVETC
PYTHONPATH=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pypkg #for PyQt5
PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/yourname/yourpackage #for y...
export PYTHONPATH
を paraview起動前に設定する。
（ParaView-5.11.0は内部に持つ python 3.9.13を使っている...
(メモ)
- ParaView-5.11-etc/pypkgには、anaconda3/envs/py3913にイ...
リンクを置いてある。
- ParaView-5.11-etc/pylibには、anaconda3/envs/py3913/lib...
ある（PyQt5の実行時に /lib64/libstdc++.so.6から CXXABI_1...
ものを使用）。
- クライアント-サーバとしての利用はたとえば次のようにする。
#!/bin/bash --norc
#$-S /bin/bash
#$-q pan.q@compute-0-1
#$-cwd
#$-j y
#$-pe mpi 4
# ParaViewを server-client で実行するとき、このサブミッ...
#-------------------------------------------------------...
# #==== for 4.4 ============================
# PVDIR=/share/apps/ParaView-4.4.0-Qt4-Linux-64bit/lib/p...
# export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PVDIR
#
# cd $PVDIR
# ./mpiexec ./pvserver --use-offscreen-rendering -rc --c...
# --disable-xdisplay-test
#
# # 接続例: サブミットジョブ(pvserver) -> paraview on wi...
# # paraview client, Connect in the menu icons -> Add Se...
# # Name: allium
# # Server Type: Client/Server (reverse connect)
# # Host: localhost
# # Port: 11111
# # then, Configure -> Save (setup and save only once at...
# # ->select configuration saved -> Connect
# # - server is done after client is finished.
# # - you must connect to the server within about one mi...
# # - you can check the port to connect with netstat -n...
# # - 4.4では、File->Openは pvserver上のものが見えるが、...
#==== for 5.11 and PyQt5 ===================
PVDIR=/share/apps/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3....
PVETC=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pylib ...
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$PVETC:$PVDIR
PYTHONPATH=/share/apps/ParaView-5.11-etc/pypkg ...
PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/okazaki/paraview511test/myp...
export PYTHONPATH
cd $PVDIR
./mpiexec ./pvserver --force-offscreen-rendering --rc -...
# 接続例: サブミットジョブ(pvserver) -> paraview on alli...
# paraview client, Connect in the menu icons -> Add Server
# Name: allium <== reverse connectのときはRevConn...
# Server Type: Client/Server (reverse connect)
# Host: localhost <== reverse connectのときはこの選...
# Port: 11111
# then, Configure -> Save (setup and save only once at t...
# ->select configuration saved -> Connect (wait about on...
# - server is done after client is finished.
# - you must connect to the server within about one mini...
# - you can check the port to connect with netstat -na ...
# - you can specify a port number 11111 by --server-port...
# - "Display is not accessible on the server side. Remot...
# 出る場合があるが気にしない(Xサーバに依存)、pvserver ...
-- クライアント-サーバの接続はたまに失敗する？
-- クライアントがVPN接続していた場合はサーバ側から接続で...
--- たぶん上の Server Typeが Client/Server (reverse conne...
-- qloginを利用して mpiexec pvserver を起動すると１並列で...
** デフォルトのPYTHONPATH [#ifdf47da]
ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/bin/pvpyt...
（ふつうのpythonと同じ）
>>> import sys, pprint; pprint.pprint(sys.path)
['',
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/bin/parav...
（空ディレクトリは無し）
>>> import sys, pprint; pprint.pprint(sys.path)
['/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
'/opt/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/li...
//-------------------------------------------------------...
* レイアウトやカメラ [#n9c73a82]
** 遠近法・平行投影 の変更 [#i4aa702d]
何でもよいのでパイプラインの
オブジェクト(パイプラインノード, ソース, フィルタ, プロキ...
プロパティを表示する。
プロパティの下の方にある Camera Parallel Projectionのチェ...
(ver4.4だと、プロパティの歯車(adv prop)を押して詳細プロパ...
** Layout (Render View)の分割 [#f26a904c]
"Render View 1"などと表示されているところの、右のアイコン...
繰り返し分割ができる。
** Ajust Camera (カメラ位置の操作) [#ub8591f3]
Layout #nの下のカメラアイコン(カメラに鉛筆の絵、Ajust Cam...
→上の方にある青色の「＋」アイコンで、現在のカメラ位置を保...
さらに「＋」アイコンの右のConfigureボタンで viewpoint名の...
なお、保存されたカメラ位置は、次回paraview起動時にも利...
（一番上のアイコンバーに「カメラ+数字」のアイコンが追加さ...
別途、Configureボタンで、カメラ位置をファイルに Saveでき...
** 複数のビューのカメラを同期 [#a657fb83]
２つビューがあり、片方が選択されている状態で、
Toolsメニュー->Add Camera Link->ウィンドウが出る。選択さ...
これにより２つのビューのカメラが同期される。
同期を解除するには、Tools->Manage Linksで、CameraLink0と...
選択して削除する。
//-------------------------------------------------------...
* フィルタ [#ia29c97b]
** ExtractSubset ボリュームデータの範囲を狭めかつ間引く [...
- V OIのところで範囲指定
- 詳細(歯車アイコン)を表示してSample Rateのところで間引き...
** Slice 色付きで断面を描く [#zf5c0313]
- どの値で色を付けるのかは選択可（Ψの位相とかみるとおもし...
** PlotOverLine ボリュームデータで直線に沿った値をグラフ...
*** マウスを使った拡大縮小等 [#xa13c64c]
右ボタンをドラッグで拡大縮小、左ボタンをドラッグで平行移...
中ボタンを回転で拡大縮小する。
*** 横軸をX座標にする [#j5543c20]
デフォルトで端からの距離になっているらしく、X座標にするに...
プロパティで、X Array Nameを arc_lengthではなく Points_x...
*** 縦軸の最大・最小を固定する [#fa5929da]
Propertiesタブで、
Left Axis Range（縦軸）の Left Axis Use Custom Range をチ...
最小・最大を入力する。
Bottom Axis（横軸）についても同様に設定できる。
対数スケールもできるが、プロットされるデータに
ゼロ以下が含まれると、ワーニングは出るが、対数スケールで...
その後のLeft Axisのスケールの挙動も怪しい。
** メモ [#w7fe57f9]
- Textソースで、注釈を；Outlineフィルターで、境界を表示で...
- Glyphモジュールで、矢印とかつくれる
- MaskPointsフィルターで、点（グリッド？）の数を減らすこ...
- lineソースで、streamlinesを作れるようだ
- Calculatorフィルターで、勾配を計算できる
//-------------------------------------------------------...
* Tips [#cded2dac]
** Auto Apply [#uc0478b7]
Editメニュー→Generalで、Auto Applyをチェックする。
等値面の値など、設定を変えてあとにいちいちApplyボタンを押...
** パラメータを変更しつつアニメーションをする [#fe2648a2]
- Viewメニュー→Animation Viewで、変更するものを＋を押して...
→最初と最後のパラメータを設定する。
** avi動画ファイルを作る [#i7508653]
File->Save Animation->ファイル名を入れてOK->
必要に応じて、Save All Viewsをチェック(全てのLayoutを含め...
する->OK
//-------------------------------------------------------...
* 他 [#s68cbfa5]
** cubeファイルの読み込みに関する不具合 [#x82baec2]
- cubeファイルのコメント行に、「:」があると異常終了する（...
- cubeファイルを読み込むと、「Change Interaction Mode」が...
3Dに変更できる。（H2Oの5番目のMOのcubeで確認。nltrjrst2cu...
- cubeファイルに、原子数が１個だけしかない場合、
「Resetting view-up since view plane normal is parallel」...
- g16のformchkでは、cubeファイルの三行目の５番目に、cube...
ParaView 4.4でcubeデータを読み込めない。含まれるcubedデー...
よい。
** 連番のvtkファイルの読み込みとアニメーション [#p0ba5823]
- 別紙参照。
** 時間で移動する物体作成 [#hcc693e0]
[[時間毎に移動する物体（矢印などが可）>https://www.rccm.c...
(操作概要) Pipelineで、sourceのオブジェクトに Transform...
Viewメニュー→Animation Viewで そのTransformに...
上に出てきた項目をダブルクリックして、動作の...
Playボタンで動く。
** Programable Sourceを使ってzの偏角表示 [#l52a0bbf]
[[Programable Sourceの使い方（リーマンζ関数のvtkImageData...
例） RenderViewに、複素平面の各zについて偏角の値(カラー...
図のような表示をする場合、下の(1)から(4)までをする。
# (1) set Output Data Set Type to vtkImageData
# (2) put the followings into "Script (Requestinformatio...
from paraview import util
nx, ny, nz = 100, 100, 1
util.SetOutputWholeExtent( self, [ 0, nx-1, 0, ny-1, 0, ...
# (3) put the followings into "Script"
import math
xmin, ymin, zmin = -5.0, -5.0, 0.0
xgs, ygs, zgs = 0.1, 0.1, 1.0
nx, ny, nz = 100, 100, 1
zdata = vtk.vtkDoubleArray()
zdata.SetName( "zdata" )
zdata.SetNumberOfComponents( 1 )
zdata.SetNumberOfTuples( nx*ny*nz )
i = 0
for iz in range( 0, nz ):
for iy in range( 0, ny ):
for ix in range( 0, nx ):
#このループ順で０から順番に対応
zdata.SetTuple1( i, math.atan2( ymin+ygs*iy,...
i = i + 1
out = self.GetOutput()
out.SetOrigin( xmin, ymin, zmin )
out.SetSpacing( xgs, ygs, zgs )
out.SetDimensions( nx, ny, nz )
out.GetPointData().AddArray( zdata )
# (4) set Coloring to zdata, with nic_Edge, and rescale ...
# and, set Representation to Surface LIC
# ただのSurfaceだと-Pi～Piを補間され黒でなく白線にな...
&ref(phase_of_z.png,left,70%,nowrap);~
なお、図中の矢印は別の機能で作成している。
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* 古い情報 [#l3857a24]
pdbの読み込みの不具合 ~
- Paraview 4.0.1, 4.4.0 (Windows7) でpdbが読み込まれずに...
ただし、選択肢のうちVisItで読み込むと座標だけは読み込める...
ASPIRE 5750によるparaview 5.0.1, 5.1.2, 5.2.0 ~
- paraview 5.0.1, 5.1.2, 5.2.0 は、ASPIRE 5750で、OpenGL ...
警告が出て、続けて使うと異常終了して使えない。
- 5.3 がリリースされている（未テスト）。
- ParaView-5.8.0-Windows-Python3.7-msvc2015-64bit.exe は...
ParaViewが起動せずに、異常終了する場合の対処法 ~
- ~/.config/ParaViewの.iniファイルを消すとよい場合がある。
- Load Stateをするとき、ParaView5.11.0-RC2のウィンドウが...
が発生するようだ。（alliumのParaView5.11をXmingでwindows1...
VcXsrvを利用するとエラーは発生しなく正常に動く。
（また、FiltersメニューのAlphabeticalで発生していた落ちる...
-- .pvsmファイルに依り再現性は無い
-- .psvmを一度正常に読み込んだら、その後は落ちない？
- Xmingの代わりに、VcXsrvを使うとgaussian16のgvが正常に表...
-- gv -soft とすると正常に表示される。
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* pvpython [#t074504d]
簡単な例
$ /share/apps/ParaView-5.11.0-RC2-MPI-Linux-Python3.9-x8...
>>> from paraview.simple import *
>>> cone=Cone()
>>> shrinkFilter = Shrink(cone)
>>> Show(shrinkFilter)
>>> Render()
で画像を表示できる。
レンダリングされた画像のみ。いろいろするとマウスで操作で...
#ref(pvpythonの例1.png,left,50%,nowrap)
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