[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
単語検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/pc [#vb835cbd]
#contents
** 一行メモ [#x4f04534]
- ivyのOS更新後、
-- openmx, namelessをコンパイルしなおした。 -- &new{2019...
-- openmxがバージョンアップされていたので、ついでにallium...
-- gromacsをコンパイルしなおした（alliumと同様のものを作...
- last -f /var/log/wtmp.1 #先月のログ(ubuntu18) -- &n...
- ThinkCentre M710q 分解 http://www.sakashita-net.jp/2017...
- 情報基盤センタに置いてあるファイルにリモートでアクセス...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* .bashrc や .emacs.el に入れたらよい設定 [#rce3fcc8]
- .bashrcに入れたらよいもの [[howto/その他tips#nafa77e8]]
- .emacs.elに入れたらよいもの [[howto/emacs#ebd16c95]]
//-------------------------------------------------------...
* 学科サーバ [#tea764b2]
** loginサーバ [#bc4a2567]
login.eit.hirosaki-u.ac.jp~
学科ファイルシステムの利用（計算やデータ処理などは行わな...
- emacsはある(/usr/binディレクトリ内)
- gccは無い
- gitは無い（が、~okazaki/bin/binに昔コンパイルしたgitが...
** www-localサーバ [#q80a284c]
www-local.eit.hirosaki-u.ac.jp~
学内限定のWebサーバ
** CIFSによる学科ファイル共有サービス [#jf33ff15]
接続方法はこちら http://www-local.eit.hirosaki-u.ac.jp/sy...
//** webメール（学内限定） [#q0fdcc65]
//%% http://www-local.eit.hirosaki-u.ac.jp/webmail/ %%
** VPN接続 [#i602f1b2]
- 情報基盤センターへのVPN接続：
https://itc.hirosaki-u.ac.jp/shinsei-ichiran ここのページ...
Web申請をクリック→ログイン後→
左メニューの"SSL VPN接続申請"→下の"新規申請"ボタンを押す。
申請理由は「自宅から 研究室仮配属の授業に関する課題or卒業...
連絡先は、Hiroin IDを okazaki とし、右の確認ボタンを押す。
→最後に下の "申請する"ボタンを押す。
申請して数日後から利用できるようになります（メールが送ら...
-- 連続接続の利用は 23h30m～23h54m頃までであり、時間を過...
-- 利用方法 https://itc.hirosaki-u.ac.jp/ssl-vpn （最初に...
-- 学内のPCから申請する必要があるようだ。
-- メモ：Wi-Fi接続しているiOSからはVPN接続はできないよう...
-- GUIを利用するとき、ssh -YC をすると表示がかなり速くな...
//- %%学科計算機システムへのVPN接続： %%
//%%https://sslvpn.eit.hirosaki-u.ac.jp/+CSCOE+/logon.htm...
//** メールサーバ [#i1138c72]
//%% smtp.eit.hirosaki-u.ac.jp %%~
//%% imap.eit.hirosaki-u.ac.jp %%~
//%% pop.eit.hirosaki-u.ac.jp %%~
//-------------------------------------------------------...
* プログラミング室のPC [#x87ab047]
- 2024/4月現在
CPU: Core i5-12500T 2.0GHz (6コア)、HT有り~
メインメモリ: 8GB~
ディスク: /thome --TB, /shome --TB~
- 2018/12月現在
CPU: Core i5-5700T 2.7GHz (4コア)、HT無し~
メインメモリ: 8GB~
ディスク: /thome 2.5TB, /shome 4.0TB~
//-------------------------------------------------------...
* ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp [#l36016ca]
- 汎用のPCサーバ（Ubuntu）
- Linuxを使うちょっとした事に利用（ファイル交換、軽めの計...
計算性能は無い。
/optディレクトリに、gromacs, openmx, namelessをインストー...
** gromacsの動かし方 [#ra336a9c]
alliumと同様。
ただし、ディレクトリは /share/appsではなく /optである。
//**旧ivyにインストールしたときの情報**
//使う前にいちど、source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC をす...
//
// (注) /opt/gromacs20163の実態は、gromacs20163.buildmpi...
// gromacs20163.buildmpi
// cmakeオプション:
// -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SS...
// -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
//
// /optには他に次のものがあるが使うことはないだろう。使う...
//
// gromacs20163.buildsrl
// cmakeオプション:
// -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=off -DGMX_SIMD=S...
// -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
//
// gromacs20163.buildmdrunonly
// cmakeオプション:
// -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SS...
// -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DR...
** openmxの動かし方 [#zeb05ab4]
実行環境を設定するためのシェルスクリプトは特に無い。
/opt/openmx_github/sourceにある以下のプログラムやツールを...
DosMain
analysis_example
bandgnu13
bin2txt
cube2xsf
esp
intensity_map
jx
md2axsf
openmxgmo (OpenMX)
polB
OpenMXを並列実行する場合は
mpirun -np N openmx hoge.dat -nt M > hoge.std
NはMPI並列化(process)数、MはOpenMP並列化(thread)数であ...
required memoryを小さくしなければならない時は、M=4あた...
** namelessの動かし方 [#x93ee4e4]
実行環境を設定するためのシェルスクリプトは特に無い。
/opt/namelessにある以下のプログラムやツールを走らせる。
nameless.x
nltrj2FT.x
nltrjrst2cube.x
vpao2rst.x
サンプルの入力データ（シェルスクリプトを兼ねる）が同じデ...
変数LOADMODULEは/opt/nameless/nameless.xにし、
OMP_NUM_THREADSはOpenMP並列化(thread)数になるようにする。
なお、NSLOTSはSGEキューにより設定される環境変数である。
//-------------------------------------------------------...
* allium.eit.hirosaki-u.ac.jp [#xf4b496d]
- 計算用のPCクラスタ（Rocks7 OS）
- 計算用サーバ。
- その他詳細は [[LABO/Rocks]]をみよ。
/share/appsに、gromacs, openmx, namelessをインストール済...
** gromacsの動かし方 [#m7b33b5e]
使う前にいちど、次のどちらかをsourceする
source /share/apps/gromacs.20163.buildmpi.sse/bin/GMXRC ...
source /share/apps/gromacs.20163.buildmpi.sse.dbl/bin/GM...
なお、compute-0-1～0-7,alliumで実行可能である。compute-0-...
gromacs.20163.buildmpi.sse41 (単精度版)
cmakeオプション:
-DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SSE4...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/apps/gromacs.20163.buildm...
gromacs.20163.buildmpi.sse41.dbl (倍精度版)
cmakeオプション:
-DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SSE4...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/apps/gromacs.20163.buildm...
** openmxの動かし方 [#kb43b057]
ivyと同様。
** namelessの動かし方 [#zd248c8a]
ivyと同様。
//-------------------------------------------------------...
* ivy, alliumでのプリントアウト [#w0b86cda]
** 不具合情報 [#ma7e1f67]
alliumでBROTHERプリンタに出力されず、キューに入ったまま...
と出る）。この場合は、プリンタの電源を入れ直すと出力され...
** papsによる印刷（白黒のみ） [#ob0e7600]
$ paps --font=9 nameless.h | lpr # 2upで...
$ paps --font=6 nameless.h | lpr -o number-up=1 # 1upで...
フォントサイズやファイル名は適宜指定する。
** そのほか [#q01d2575]
プリントキューの状態を見る
$ lpstat -p
プリントをキャンセル
$ lpq
$ lprm ID
lprのオプションなど
man lpr や man lp などを見よ。
** emacsからのプリントアウト（基本的には出来ない） [#ne84...
ivyでBROTHERプリンタを使う場合には、日本語が一部文字化け...
M-x ps-print-buffer-with-faces などでプリントアウトが可...
ただし、.emacs.elに次を含めておく。
(require 'ps-mule)
(setq ps-multibyte-buffer 'non-latin-printer)
** geditによるプリントアウト [#e027eb27]
OKIともBROTHERプリンタとも問題無くできる。ただし、Xming上...
** 出力プリンタを指定する [#sa8b1020]
ivyでは
OKIプリンタは Oki-C5900 、 BROTERプリンタは Brother-HL...
alliumでは
OKIプリンタは C5900 、 BROTERプリンタは HL-2170W
という名前がプリンタについている。
papasとlprで印刷する場合、-Pオプションでプリンタを指定し...
$ papas --font=12 nameless.h | lpr -o number-up=4 -P C59...
//-------------------------------------------------------...
* ivy, orangeのsamba接続 [#m8e7413f]
windowsからivyの各自のホームディレクトリを、「ネットワー...
フォルダ: \\ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp\ivyhome または
\\ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp\IVYID ←IVYIDはiv...
ユーザ名: ivyのログインID
パスワード：初期パスワードは研究室HPのログインパスワー...
$ sudo /etc/samba/pwdchgsamba.sh
でできます。
windowsからorangeにある共有フォルダに「ネットワークドラ...
・バックアップはありません。間違ってファイルを消すことは...
・win_softwareフォルダには、いくつかのソフトのインストー...
フォルダ: \\orange.eit.hirosaki-u.ac.jp\orangeshare
ユーザ名: orangeshare
パスワード：N...2..P...のものです。
終了行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/pc [#vb835cbd]
#contents
** 一行メモ [#x4f04534]
- ivyのOS更新後、
-- openmx, namelessをコンパイルしなおした。 -- &new{2019...
-- openmxがバージョンアップされていたので、ついでにallium...
-- gromacsをコンパイルしなおした（alliumと同様のものを作...
- last -f /var/log/wtmp.1 #先月のログ(ubuntu18) -- &n...
- ThinkCentre M710q 分解 http://www.sakashita-net.jp/2017...
- 情報基盤センタに置いてあるファイルにリモートでアクセス...
#comment
//-------------------------------------------------------...
* .bashrc や .emacs.el に入れたらよい設定 [#rce3fcc8]
- .bashrcに入れたらよいもの [[howto/その他tips#nafa77e8]]
- .emacs.elに入れたらよいもの [[howto/emacs#ebd16c95]]
//-------------------------------------------------------...
* 学科サーバ [#tea764b2]
** loginサーバ [#bc4a2567]
login.eit.hirosaki-u.ac.jp~
学科ファイルシステムの利用（計算やデータ処理などは行わな...
- emacsはある(/usr/binディレクトリ内)
- gccは無い
- gitは無い（が、~okazaki/bin/binに昔コンパイルしたgitが...
** www-localサーバ [#q80a284c]
www-local.eit.hirosaki-u.ac.jp~
学内限定のWebサーバ
** CIFSによる学科ファイル共有サービス [#jf33ff15]
接続方法はこちら http://www-local.eit.hirosaki-u.ac.jp/sy...
//** webメール（学内限定） [#q0fdcc65]
//%% http://www-local.eit.hirosaki-u.ac.jp/webmail/ %%
** VPN接続 [#i602f1b2]
- 情報基盤センターへのVPN接続：
https://itc.hirosaki-u.ac.jp/shinsei-ichiran ここのページ...
Web申請をクリック→ログイン後→
左メニューの"SSL VPN接続申請"→下の"新規申請"ボタンを押す。
申請理由は「自宅から 研究室仮配属の授業に関する課題or卒業...
連絡先は、Hiroin IDを okazaki とし、右の確認ボタンを押す。
→最後に下の "申請する"ボタンを押す。
申請して数日後から利用できるようになります（メールが送ら...
-- 連続接続の利用は 23h30m～23h54m頃までであり、時間を過...
-- 利用方法 https://itc.hirosaki-u.ac.jp/ssl-vpn （最初に...
-- 学内のPCから申請する必要があるようだ。
-- メモ：Wi-Fi接続しているiOSからはVPN接続はできないよう...
-- GUIを利用するとき、ssh -YC をすると表示がかなり速くな...
//- %%学科計算機システムへのVPN接続： %%
//%%https://sslvpn.eit.hirosaki-u.ac.jp/+CSCOE+/logon.htm...
//** メールサーバ [#i1138c72]
//%% smtp.eit.hirosaki-u.ac.jp %%~
//%% imap.eit.hirosaki-u.ac.jp %%~
//%% pop.eit.hirosaki-u.ac.jp %%~
//-------------------------------------------------------...
* プログラミング室のPC [#x87ab047]
- 2024/4月現在
CPU: Core i5-12500T 2.0GHz (6コア)、HT有り~
メインメモリ: 8GB~
ディスク: /thome --TB, /shome --TB~
- 2018/12月現在
CPU: Core i5-5700T 2.7GHz (4コア)、HT無し~
メインメモリ: 8GB~
ディスク: /thome 2.5TB, /shome 4.0TB~
//-------------------------------------------------------...
* ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp [#l36016ca]
- 汎用のPCサーバ（Ubuntu）
- Linuxを使うちょっとした事に利用（ファイル交換、軽めの計...
計算性能は無い。
/optディレクトリに、gromacs, openmx, namelessをインストー...
** gromacsの動かし方 [#ra336a9c]
alliumと同様。
ただし、ディレクトリは /share/appsではなく /optである。
//**旧ivyにインストールしたときの情報**
//使う前にいちど、source /opt/gromacs20163/bin/GMXRC をす...
//
// (注) /opt/gromacs20163の実態は、gromacs20163.buildmpi...
// gromacs20163.buildmpi
// cmakeオプション:
// -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SS...
// -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
//
// /optには他に次のものがあるが使うことはないだろう。使う...
//
// gromacs20163.buildsrl
// cmakeオプション:
// -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=off -DGMX_SIMD=S...
// -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
//
// gromacs20163.buildmdrunonly
// cmakeオプション:
// -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SS...
// -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DR...
** openmxの動かし方 [#zeb05ab4]
実行環境を設定するためのシェルスクリプトは特に無い。
/opt/openmx_github/sourceにある以下のプログラムやツールを...
DosMain
analysis_example
bandgnu13
bin2txt
cube2xsf
esp
intensity_map
jx
md2axsf
openmxgmo (OpenMX)
polB
OpenMXを並列実行する場合は
mpirun -np N openmx hoge.dat -nt M > hoge.std
NはMPI並列化(process)数、MはOpenMP並列化(thread)数であ...
required memoryを小さくしなければならない時は、M=4あた...
** namelessの動かし方 [#x93ee4e4]
実行環境を設定するためのシェルスクリプトは特に無い。
/opt/namelessにある以下のプログラムやツールを走らせる。
nameless.x
nltrj2FT.x
nltrjrst2cube.x
vpao2rst.x
サンプルの入力データ（シェルスクリプトを兼ねる）が同じデ...
変数LOADMODULEは/opt/nameless/nameless.xにし、
OMP_NUM_THREADSはOpenMP並列化(thread)数になるようにする。
なお、NSLOTSはSGEキューにより設定される環境変数である。
//-------------------------------------------------------...
* allium.eit.hirosaki-u.ac.jp [#xf4b496d]
- 計算用のPCクラスタ（Rocks7 OS）
- 計算用サーバ。
- その他詳細は [[LABO/Rocks]]をみよ。
/share/appsに、gromacs, openmx, namelessをインストール済...
** gromacsの動かし方 [#m7b33b5e]
使う前にいちど、次のどちらかをsourceする
source /share/apps/gromacs.20163.buildmpi.sse/bin/GMXRC ...
source /share/apps/gromacs.20163.buildmpi.sse.dbl/bin/GM...
なお、compute-0-1～0-7,alliumで実行可能である。compute-0-...
gromacs.20163.buildmpi.sse41 (単精度版)
cmakeオプション:
-DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SSE4...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/apps/gromacs.20163.buildm...
gromacs.20163.buildmpi.sse41.dbl (倍精度版)
cmakeオプション:
-DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=SSE4...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/apps/gromacs.20163.buildm...
** openmxの動かし方 [#kb43b057]
ivyと同様。
** namelessの動かし方 [#zd248c8a]
ivyと同様。
//-------------------------------------------------------...
* ivy, alliumでのプリントアウト [#w0b86cda]
** 不具合情報 [#ma7e1f67]
alliumでBROTHERプリンタに出力されず、キューに入ったまま...
と出る）。この場合は、プリンタの電源を入れ直すと出力され...
** papsによる印刷（白黒のみ） [#ob0e7600]
$ paps --font=9 nameless.h | lpr # 2upで...
$ paps --font=6 nameless.h | lpr -o number-up=1 # 1upで...
フォントサイズやファイル名は適宜指定する。
** そのほか [#q01d2575]
プリントキューの状態を見る
$ lpstat -p
プリントをキャンセル
$ lpq
$ lprm ID
lprのオプションなど
man lpr や man lp などを見よ。
** emacsからのプリントアウト（基本的には出来ない） [#ne84...
ivyでBROTHERプリンタを使う場合には、日本語が一部文字化け...
M-x ps-print-buffer-with-faces などでプリントアウトが可...
ただし、.emacs.elに次を含めておく。
(require 'ps-mule)
(setq ps-multibyte-buffer 'non-latin-printer)
** geditによるプリントアウト [#e027eb27]
OKIともBROTHERプリンタとも問題無くできる。ただし、Xming上...
** 出力プリンタを指定する [#sa8b1020]
ivyでは
OKIプリンタは Oki-C5900 、 BROTERプリンタは Brother-HL...
alliumでは
OKIプリンタは C5900 、 BROTERプリンタは HL-2170W
という名前がプリンタについている。
papasとlprで印刷する場合、-Pオプションでプリンタを指定し...
$ papas --font=12 nameless.h | lpr -o number-up=4 -P C59...
//-------------------------------------------------------...
* ivy, orangeのsamba接続 [#m8e7413f]
windowsからivyの各自のホームディレクトリを、「ネットワー...
フォルダ: \\ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp\ivyhome または
\\ivy.eit.hirosaki-u.ac.jp\IVYID ←IVYIDはiv...
ユーザ名: ivyのログインID
パスワード：初期パスワードは研究室HPのログインパスワー...
$ sudo /etc/samba/pwdchgsamba.sh
でできます。
windowsからorangeにある共有フォルダに「ネットワークドラ...
・バックアップはありません。間違ってファイルを消すことは...
・win_softwareフォルダには、いくつかのソフトのインストー...
フォルダ: \\orange.eit.hirosaki-u.ac.jp\orangeshare
ユーザ名: orangeshare
パスワード：N...2..P...のものです。
ページ名:
![[PukiWiki]](image/favicon_for_orange.png "[PukiWiki]"){kind=small}
