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開始行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/PyMOL [#p6cdcc05]
#contents
** 一行メモ [#t712a40c]
- セレクタ、及び、基本的な使い方あり http://www.protein.o...
- .pze または .pse などのセッションで保存できる。 -- &ne...
#comment
* PyMOLの使い方 [#y36b4fc2]
** マウス操作 [#la57b6d0]
(左下に操作方法が表示されている。以下は3 Button Motions...
左ドラッグ： 回転
原子上でクリックすると残基が選択され、上に...
中ドラッグ： 平行移動
ホイールは、Z軸平行移動(Slab)
原子上でクリックすると、回転中心になる。
右ドラッグ： 拡大縮小
原子上でクリックすると、サブメニューが出る。
** 距離、角度、二面角などを測る [#v10d3189]
Wizardメニュー→Measurement→右下のプルメニューでDistance...
→測り終わったら右下のDoneを押す
** (φ,ψ)値 [#v17f4c34]
コマンドで
PyMOL> phi_psi res -2-1 and chain c
とすると(φ,ψ)の値が上に出力されるようだ。
** リボン表示 [#s16e6d6f]
右のパネルで、"A S H L C"とあるうちの、S→cartoon
** 初期化 [#o7bd899a]
PyMOL> reinitialize
** [他] [#l4863c2f]
set depth_cue, 1 #デプスキューを有効にするらしい（デフ...
set fog, 20 #奥行きを薄める
** [他] [#q0b92fa1]
- https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp/lab/pymol/
- http://sorindb.sap.u-tokai.ac.jp/pub/bioinfo/pymoler.pdf
- https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/ch01/index.html
終了行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/PyMOL [#p6cdcc05]
#contents
** 一行メモ [#t712a40c]
- セレクタ、及び、基本的な使い方あり http://www.protein.o...
- .pze または .pse などのセッションで保存できる。 -- &ne...
#comment
* PyMOLの使い方 [#y36b4fc2]
** マウス操作 [#la57b6d0]
(左下に操作方法が表示されている。以下は3 Button Motions...
左ドラッグ： 回転
原子上でクリックすると残基が選択され、上に...
中ドラッグ： 平行移動
ホイールは、Z軸平行移動(Slab)
原子上でクリックすると、回転中心になる。
右ドラッグ： 拡大縮小
原子上でクリックすると、サブメニューが出る。
** 距離、角度、二面角などを測る [#v10d3189]
Wizardメニュー→Measurement→右下のプルメニューでDistance...
→測り終わったら右下のDoneを押す
** (φ,ψ)値 [#v17f4c34]
コマンドで
PyMOL> phi_psi res -2-1 and chain c
とすると(φ,ψ)の値が上に出力されるようだ。
** リボン表示 [#s16e6d6f]
右のパネルで、"A S H L C"とあるうちの、S→cartoon
** 初期化 [#o7bd899a]
PyMOL> reinitialize
** [他] [#l4863c2f]
set depth_cue, 1 #デプスキューを有効にするらしい（デフ...
set fog, 20 #奥行きを薄める
** [他] [#q0b92fa1]
- https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp/lab/pymol/
- http://sorindb.sap.u-tokai.ac.jp/pub/bioinfo/pymoler.pdf
- https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/ch01/index.html
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