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開始行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/chimera [#m0660709]
#contents
** 一行メモ [#t275967a]
#comment
//-------------------------------------------------------...
* ボリュームデータ（グリッドデータ）について操作する [#e4...
** ひとつのvolume dataの読み込み [#r294536c]
File → open または
Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map
** cubeファイルの読み込み（複数のvolume dataは別々のオブ...
Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map
fchkからcubegenでcubeファイルを作成可能
c.f.:
% ghelp cubegen
% cubegen 0 OccA hoge.fchk hoge.cube -2 h
hoge.cubeに複数のボリュームデータが含まれていてもc...
mが最内側なので注意）
** volume seriseaの読み込み [#j1c894b3]
Tools → Volume Data → Volume Series → Open
読み込んだボリュームシリーズの操作について）
Volume Viewerで、ひとつのボリュームデータについて等値...
→ Play をすると、その設定が他のボリュームデータにも適...
** 等値面の操作 [#l4e2eef1]
Tools → Volume Data → Volume viewer
表示されるもの（操作対象）を切り替え可（最大３個までが表...
ウィンドウで等値面を操作可
表示・非表示
surface, mesh, solidの種類切り替え
値、色の設定
面数の増減（ctrl-左クリックで増減）
** BOX枠を出す [#m586042d]
Tools → Volume Data → Volume viewer →
Features → Orthogonal planes → BOXをクリックで、副作用的...
(BOXをクリックすると消せない。等値面は Solidになるがバグ...
** 断面（切り取り面）の表示 [#z21c985f]
Tools → Volume Data → Volume viewer →
Features → Planes 断面（面だけ、等値面は非表示になる？ v...
できる。
** 等値面の自動的な色づけ [#z9d2207f]
Volume Viewer → Tools
→ Surface Color 値により色づけできる（c.f.: options, s...
** 時系列のVolumeデータの読み込み [#d296f3f0]
Favorites->Command Line→「vseries open ~/Desktop/seqcube...
Tools->Volume Data->Volume Series→Play
- 複数回vseriesで読み込むことにより、それぞれの時系列...
- Playで複数の時系列シリーズを同時にアニメーションにで...
** chimeraによる動画作成方法 [#pceee4b6]
Tools->Utilities->Movie Recorder
- ウィンドウ内の画像を記録して、動画を作る
- Commands for Making Animations（動画例、参考になる？）:
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/movie-howto-mar2012/...
- Commands Index（索引）:
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/f...
//-------------------------------------------------------...
* 時系列の分子構造について操作する [#p637afdd]
** xyzファイルからアニメーションの作成 [#tc410305]
Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → ファイル_001.x...
次に、Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → File → R...
avi形式などを選択 → Recordボタン
//-------------------------------------------------------...
* 結合距離や結合角などを測る [#bb0329c4]
** たとえば結合角のとき（結合距離も同様） [#mad59578]
Tools → Structure Analysis → Angles/Torsions → Structure...
→ マウスで３原子を選択（Ctrl+Button1、Ctrl+Shift+Button1...
→ Structre Measurementsの Createボタンを押す。
//-------------------------------------------------------...
* その他 [#h773ab05]
** 体積・面積の計算する [#e3961155]
Tools → Volume Data → Measure Volume and Area で表示して...
** 静電ポテンシャルの計算 [#xbdb7193]
electrostatic potential (.dxファイル)を作れるらしい。
以前に、 .dxファイルをどうやって作った？ 2009/10/01
//-------------------------------------------------------...
* 基本 [#e170da4c]
** 分子の読み込み [#e6a51a68]
File → open → fchk, pdb, xyz, cube などが読み込める
(注) アニメーションは別項目
** 複数分子があるときの、表示・非表示の選択 [#f77e49aa]
Favorites → Model Panelから選択
** マウス操作 [#y4660765]
Favorites → Preferences → Mouseで設定を確認・変更できる...
左: 回転
中: 平行移動
右: 拡大・縮小
Ctrl-左: 選択
Ctrl-中: 拡大・縮小（単にカメラが近づく・遠ざかる）
Ctrl-右: クリックした原子を中心にする
** 原子の表現方法の変更 [#o5361f4b]
たとえばラインにする場合は Actions → Atoms/Bondss → wire
** 特定の原子を回転中心にする（拡大もされる） [#lf5bc4f7]
原子を選択→Actions→Focus
** Z方向のクリッピングなどの変更 [#a190122a]
Favorites → Side View
** 背景色を白にする [#la104574]
Favorites → Command Lineから、
Command: set bg_color white
をする（コマンド履歴は残る）。
//-------------------------------------------------------...
* リンク [#l58251df]
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/downloads/1.8.1/do...
- feedback Page: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/fee...
-- The Chimera-users Archives: http://plato.cgl.ucsf.edu/...
-- The Chimera-dev Archives: http://plato.cgl.ucsf.edu/pi...
- Commands Index http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/...
- Programmers Guide https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs...
- モジュール(スクリプト?)作成の参考になるかも
-- Chimera Programming Frequently Asked Questions https:/...
（←12) Getting the size of a volume data set.がとっかかり...
-- http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/Chimera スクリプ...
終了行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/chimera [#m0660709]
#contents
** 一行メモ [#t275967a]
#comment
//-------------------------------------------------------...
* ボリュームデータ（グリッドデータ）について操作する [#e4...
** ひとつのvolume dataの読み込み [#r294536c]
File → open または
Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map
** cubeファイルの読み込み（複数のvolume dataは別々のオブ...
Tools → Volume Data → Volume viewer → File → open map
fchkからcubegenでcubeファイルを作成可能
c.f.:
% ghelp cubegen
% cubegen 0 OccA hoge.fchk hoge.cube -2 h
hoge.cubeに複数のボリュームデータが含まれていてもc...
mが最内側なので注意）
** volume seriseaの読み込み [#j1c894b3]
Tools → Volume Data → Volume Series → Open
読み込んだボリュームシリーズの操作について）
Volume Viewerで、ひとつのボリュームデータについて等値...
→ Play をすると、その設定が他のボリュームデータにも適...
** 等値面の操作 [#l4e2eef1]
Tools → Volume Data → Volume viewer
表示されるもの（操作対象）を切り替え可（最大３個までが表...
ウィンドウで等値面を操作可
表示・非表示
surface, mesh, solidの種類切り替え
値、色の設定
面数の増減（ctrl-左クリックで増減）
** BOX枠を出す [#m586042d]
Tools → Volume Data → Volume viewer →
Features → Orthogonal planes → BOXをクリックで、副作用的...
(BOXをクリックすると消せない。等値面は Solidになるがバグ...
** 断面（切り取り面）の表示 [#z21c985f]
Tools → Volume Data → Volume viewer →
Features → Planes 断面（面だけ、等値面は非表示になる？ v...
できる。
** 等値面の自動的な色づけ [#z9d2207f]
Volume Viewer → Tools
→ Surface Color 値により色づけできる（c.f.: options, s...
** 時系列のVolumeデータの読み込み [#d296f3f0]
Favorites->Command Line→「vseries open ~/Desktop/seqcube...
Tools->Volume Data->Volume Series→Play
- 複数回vseriesで読み込むことにより、それぞれの時系列...
- Playで複数の時系列シリーズを同時にアニメーションにで...
** chimeraによる動画作成方法 [#pceee4b6]
Tools->Utilities->Movie Recorder
- ウィンドウ内の画像を記録して、動画を作る
- Commands for Making Animations（動画例、参考になる？）:
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/movie-howto-mar2012/...
- Commands Index（索引）:
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/f...
//-------------------------------------------------------...
* 時系列の分子構造について操作する [#p637afdd]
** xyzファイルからアニメーションの作成 [#tc410305]
Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → ファイル_001.x...
次に、Tools → MD/Ensemble Analysis → MD Movie → File → R...
avi形式などを選択 → Recordボタン
//-------------------------------------------------------...
* 結合距離や結合角などを測る [#bb0329c4]
** たとえば結合角のとき（結合距離も同様） [#mad59578]
Tools → Structure Analysis → Angles/Torsions → Structure...
→ マウスで３原子を選択（Ctrl+Button1、Ctrl+Shift+Button1...
→ Structre Measurementsの Createボタンを押す。
//-------------------------------------------------------...
* その他 [#h773ab05]
** 体積・面積の計算する [#e3961155]
Tools → Volume Data → Measure Volume and Area で表示して...
** 静電ポテンシャルの計算 [#xbdb7193]
electrostatic potential (.dxファイル)を作れるらしい。
以前に、 .dxファイルをどうやって作った？ 2009/10/01
//-------------------------------------------------------...
* 基本 [#e170da4c]
** 分子の読み込み [#e6a51a68]
File → open → fchk, pdb, xyz, cube などが読み込める
(注) アニメーションは別項目
** 複数分子があるときの、表示・非表示の選択 [#f77e49aa]
Favorites → Model Panelから選択
** マウス操作 [#y4660765]
Favorites → Preferences → Mouseで設定を確認・変更できる...
左: 回転
中: 平行移動
右: 拡大・縮小
Ctrl-左: 選択
Ctrl-中: 拡大・縮小（単にカメラが近づく・遠ざかる）
Ctrl-右: クリックした原子を中心にする
** 原子の表現方法の変更 [#o5361f4b]
たとえばラインにする場合は Actions → Atoms/Bondss → wire
** 特定の原子を回転中心にする（拡大もされる） [#lf5bc4f7]
原子を選択→Actions→Focus
** Z方向のクリッピングなどの変更 [#a190122a]
Favorites → Side View
** 背景色を白にする [#la104574]
Favorites → Command Lineから、
Command: set bg_color white
をする（コマンド履歴は残る）。
//-------------------------------------------------------...
* リンク [#l58251df]
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
- http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/downloads/1.8.1/do...
- feedback Page: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/fee...
-- The Chimera-users Archives: http://plato.cgl.ucsf.edu/...
-- The Chimera-dev Archives: http://plato.cgl.ucsf.edu/pi...
- Commands Index http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/...
- Programmers Guide https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs...
- モジュール(スクリプト?)作成の参考になるかも
-- Chimera Programming Frequently Asked Questions https:/...
（←12) Getting the size of a volume data set.がとっかかり...
-- http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/Chimera スクリプ...
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