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開始行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/maestro [#c1fcaed5]
#contents
** 一行メモ [#w396d3e7]
- 東工大の利用方法説明 https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac...
- pdb形式のファイルを Importするとき、Chain IDが同じで残...
- Send to PyMOLで水分子も表示する場合、水分子にはH原子も...
#comment
* Maestroの使い方 [#c80017ee]
//-------------------------------------------------------...
** 基本 [#ya3c7974]
*** PyMOLでシーン？を表示する [#oc1cb774]
Workspaceメニュー→Send To PyMOL
PyMOLの方が表示がとても速い。
距離などの表示もそのまま引き継がれる（superimposeした場...
複数のシーンをSendすると、PyMOLに蛋白質がなんども追加さ...
*** PDBファイルの読み込み [#o7a3f42c]
Fileメニュー→Import Structure
左のENTRY LISTに PDB IDの 名前で登録される。名前の変更は...
*** 非選択・選択、非表示・表示 [#t04e6bdd]
非選択は、アイコンメニューの Quick Selectにある Clear se...
選択は、左のSTRUCTURE HIERARCHYから、残基名などを選択す...
ダブルクリックするとそれを表示・選択する。
非表示・表示は、左のSTRUCTURE HIERARCHYから、左のチェッ...
*** ある残基を中心に表示する、原子の名前を表示する [#w501...
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などをダブルクリックすると...
原子の上で右クリック→Style→Apply Labels→PDB Atom Nameで...
（一瞬だけみたいときは、原子の上にマウスを載せると、ウィ...
*** 水素原子の非表示 [#t717e0e4]
蛋白質を選択しておくなどして(部分も可能だろう)、STYLEア...
→Hide All Hydrongens
*** 前後のクリッピング [#v092944a]
Windowメニュー→Clipping Planesをチェックしておく。
右下に、クリッピング面が黄色線で表示されるのでマウスで移...
*** マウス操作を変更する [#k0a98f6f]
Workspaceメニュー→Customize Mouse Actions
マウスボタン1と2を交換しておくのが使いやすい。
以下は1,2を交換した場合。
左ドラッグ： 回転
左クリック： クリックしたところが原子のとき、そこを回転...
c.f.
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などをダブル...
中クリック： 原子などの選択（複数選択したいときは Shift...
予めSelection scopeアイコンで、Atom、Resid...
bondを中クリックすると両端の原子が選択され...
右ドラッグ： 平行移動
右クリック： クリックしたところが原子のとき、いろいろサ...
予めSet selection scopeアイコンで、Atom、R...
サブメニュー→Style で、ラベル表示・非表示...
c.f.
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などを右クリ...
#ref(mouseAction_afterSwapping1and2.png,left,100%,nowrap)
*** ENTRY LISTにある複数の蛋白質を重ねて表示する [#o4671b...
ENTRY LISTの左丸をシフトクリックする
*** 構造の重ね合わせ(superimpose) [#q3a1f4e3]
右上のTASKSアイコン→Browse→TASKS項目のStructure Alignmen...
Referenceで参照構造を選択、Choose methodでProtein Backbo...
RMSDの値も出力される。表示されているものがsupoerimposeさ...
また、undoは可能だが、複雑なことをした場合、個別に元に戻...
又は、
右上のTASKSアイコン→Browse→TASKS項目のStructure Alignmen...
どっちが移動されるか、何で重ね合わされるかは不明だが、簡...
** 色 [#x817e323]
*** 蛋白質全体など、色を変える [#ha43d8a9]
予め色を変えたいものを選択しておく→左にあるSTRUCTURE HIE...
→Current Selectionの右にマウスカーソルをもってゆくと「＋...
→Paint thease atoms one colorクリック→色を選ぶ。
また、次のように炭素原子だけ色を変更することが出来る。
Paintではなく、Color Atomsをクリック→色を選ぶ、Element+C...
//-------------------------------------------------------...
** 測る [#h831437a]
*** 衝突、水素結合を検知する [#ze6ad839]
右下のInteraction Toggleアイコンを On (青色)にし、…のCho...
Hydrogen bonds, Salt Bridges, などあり）を選ぶ。
（あまり当てにならない？）
*** 原子間の距離などを測る [#h42a8987]
アイコンバーの下にあるメニュー Measure→Distanceなど（こ...
→原子を、マウスの中ボタンで選ぶ。
→ひととおり測り終わったら、最後にメニューで、OKを押すと...
（ENTRY LISTで別の蛋白質を選ぶと、表示は消えるようだ）
//-------------------------------------------------------...
** 編集 [#s4dae9e5]
*** 編集した構造をPDBとして書き出す [#gf41a1b4]
File→Export Structures、拡張子は.pdbを選ぶこと。
*** 二面角を変更する [#z079f4ee]
（予め二面角を測って角度を表示しておくとよいかもしれない...
Selection scopeアイコンを Atomにしておき、中クリックで 4...
BUILDアイコン→Move→Ajust Angles or Dihedrals→中ボダンで...
又は、
BUILDアイコン→Move→Ajust Angles or Dihedrals→中ボタンで4...
→中ボダンでドラッグ。
もしくは、
BUILDアイコン→Move→Dihedrals→中ボダンでbondをクリックす...
動かす側を変更できる）→中ボタンをドラッグ（中ボタンを回...
*** 原子の削除 [#pf8596a6]
原子上で、マウス中ボタン→Delete
*** すべての水素原子を選択し、削除する [#oedfa9ee]
Selectメニュー→More Objects→All Hydrogen Atoms
Editメニュー→Delete Atoms
*** -COを -COOにする（例） [#b7f57300]
Cを選択→EditメニューのAdd Hydrogens→Hを選択し、アイコン...
→余計なH原子も付加されるので、選択してHを削除する。
*** ENTRY LISTにある蛋白質をコピーする [#s27107a5]
蛋白質の上で右クリック→Duplicate→In Place、その後、名前...
*** chain毎に分ける [#ja0d2f10]
ENTRY LISTで分ける蛋白質の上で右クリック→Split→By chain
*** BUILD [#vad05b4d]
アミノ酸を置ける。
端を選択しておいて、次のアミノ酸残をつなげることが出来る...
note: Thrのχ1の定義がよくわからない。
//-------------------------------------------------------...
** 他 [#o53f1fec]
*** help [#ncd993bc]
Help→Helpでブラウザが開き、検索で調べられる。
*** プロジェクトとして保存、開く、閉じる [#h37db9d0]
File→Save Project As→プロジェクト名を入れて保存（日本語...
なお、プロジェクトとして保存した内容は、Maestroの操作結...
その状態のものを取っておきたいときは、プロジェクトのフォ...
File→Open Projectで開く
File→Close Projectで閉じる（Maestroは初期状態になる感じ...
*** 蛋白質を全部消す [#f9876552]
File→Close Project
*** メニューにある[AUTO] [#x76a5bc0]
？ 切っておく（表示・非表示の切り替えで視点が変わらない...
//-------------------------------------------------------...
終了行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/maestro [#c1fcaed5]
#contents
** 一行メモ [#w396d3e7]
- 東工大の利用方法説明 https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac...
- pdb形式のファイルを Importするとき、Chain IDが同じで残...
- Send to PyMOLで水分子も表示する場合、水分子にはH原子も...
#comment
* Maestroの使い方 [#c80017ee]
//-------------------------------------------------------...
** 基本 [#ya3c7974]
*** PyMOLでシーン？を表示する [#oc1cb774]
Workspaceメニュー→Send To PyMOL
PyMOLの方が表示がとても速い。
距離などの表示もそのまま引き継がれる（superimposeした場...
複数のシーンをSendすると、PyMOLに蛋白質がなんども追加さ...
*** PDBファイルの読み込み [#o7a3f42c]
Fileメニュー→Import Structure
左のENTRY LISTに PDB IDの 名前で登録される。名前の変更は...
*** 非選択・選択、非表示・表示 [#t04e6bdd]
非選択は、アイコンメニューの Quick Selectにある Clear se...
選択は、左のSTRUCTURE HIERARCHYから、残基名などを選択す...
ダブルクリックするとそれを表示・選択する。
非表示・表示は、左のSTRUCTURE HIERARCHYから、左のチェッ...
*** ある残基を中心に表示する、原子の名前を表示する [#w501...
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などをダブルクリックすると...
原子の上で右クリック→Style→Apply Labels→PDB Atom Nameで...
（一瞬だけみたいときは、原子の上にマウスを載せると、ウィ...
*** 水素原子の非表示 [#t717e0e4]
蛋白質を選択しておくなどして(部分も可能だろう)、STYLEア...
→Hide All Hydrongens
*** 前後のクリッピング [#v092944a]
Windowメニュー→Clipping Planesをチェックしておく。
右下に、クリッピング面が黄色線で表示されるのでマウスで移...
*** マウス操作を変更する [#k0a98f6f]
Workspaceメニュー→Customize Mouse Actions
マウスボタン1と2を交換しておくのが使いやすい。
以下は1,2を交換した場合。
左ドラッグ： 回転
左クリック： クリックしたところが原子のとき、そこを回転...
c.f.
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などをダブル...
中クリック： 原子などの選択（複数選択したいときは Shift...
予めSelection scopeアイコンで、Atom、Resid...
bondを中クリックすると両端の原子が選択され...
右ドラッグ： 平行移動
右クリック： クリックしたところが原子のとき、いろいろサ...
予めSet selection scopeアイコンで、Atom、R...
サブメニュー→Style で、ラベル表示・非表示...
c.f.
STRUCTURE HIERARCHYから残基名などを右クリ...
#ref(mouseAction_afterSwapping1and2.png,left,100%,nowrap)
*** ENTRY LISTにある複数の蛋白質を重ねて表示する [#o4671b...
ENTRY LISTの左丸をシフトクリックする
*** 構造の重ね合わせ(superimpose) [#q3a1f4e3]
右上のTASKSアイコン→Browse→TASKS項目のStructure Alignmen...
Referenceで参照構造を選択、Choose methodでProtein Backbo...
RMSDの値も出力される。表示されているものがsupoerimposeさ...
また、undoは可能だが、複雑なことをした場合、個別に元に戻...
又は、
右上のTASKSアイコン→Browse→TASKS項目のStructure Alignmen...
どっちが移動されるか、何で重ね合わされるかは不明だが、簡...
** 色 [#x817e323]
*** 蛋白質全体など、色を変える [#ha43d8a9]
予め色を変えたいものを選択しておく→左にあるSTRUCTURE HIE...
→Current Selectionの右にマウスカーソルをもってゆくと「＋...
→Paint thease atoms one colorクリック→色を選ぶ。
また、次のように炭素原子だけ色を変更することが出来る。
Paintではなく、Color Atomsをクリック→色を選ぶ、Element+C...
//-------------------------------------------------------...
** 測る [#h831437a]
*** 衝突、水素結合を検知する [#ze6ad839]
右下のInteraction Toggleアイコンを On (青色)にし、…のCho...
Hydrogen bonds, Salt Bridges, などあり）を選ぶ。
（あまり当てにならない？）
*** 原子間の距離などを測る [#h42a8987]
アイコンバーの下にあるメニュー Measure→Distanceなど（こ...
→原子を、マウスの中ボタンで選ぶ。
→ひととおり測り終わったら、最後にメニューで、OKを押すと...
（ENTRY LISTで別の蛋白質を選ぶと、表示は消えるようだ）
//-------------------------------------------------------...
** 編集 [#s4dae9e5]
*** 編集した構造をPDBとして書き出す [#gf41a1b4]
File→Export Structures、拡張子は.pdbを選ぶこと。
*** 二面角を変更する [#z079f4ee]
（予め二面角を測って角度を表示しておくとよいかもしれない...
Selection scopeアイコンを Atomにしておき、中クリックで 4...
BUILDアイコン→Move→Ajust Angles or Dihedrals→中ボダンで...
又は、
BUILDアイコン→Move→Ajust Angles or Dihedrals→中ボタンで4...
→中ボダンでドラッグ。
もしくは、
BUILDアイコン→Move→Dihedrals→中ボダンでbondをクリックす...
動かす側を変更できる）→中ボタンをドラッグ（中ボタンを回...
*** 原子の削除 [#pf8596a6]
原子上で、マウス中ボタン→Delete
*** すべての水素原子を選択し、削除する [#oedfa9ee]
Selectメニュー→More Objects→All Hydrogen Atoms
Editメニュー→Delete Atoms
*** -COを -COOにする（例） [#b7f57300]
Cを選択→EditメニューのAdd Hydrogens→Hを選択し、アイコン...
→余計なH原子も付加されるので、選択してHを削除する。
*** ENTRY LISTにある蛋白質をコピーする [#s27107a5]
蛋白質の上で右クリック→Duplicate→In Place、その後、名前...
*** chain毎に分ける [#ja0d2f10]
ENTRY LISTで分ける蛋白質の上で右クリック→Split→By chain
*** BUILD [#vad05b4d]
アミノ酸を置ける。
端を選択しておいて、次のアミノ酸残をつなげることが出来る...
note: Thrのχ1の定義がよくわからない。
//-------------------------------------------------------...
** 他 [#o53f1fec]
*** help [#ncd993bc]
Help→Helpでブラウザが開き、検索で調べられる。
*** プロジェクトとして保存、開く、閉じる [#h37db9d0]
File→Save Project As→プロジェクト名を入れて保存（日本語...
なお、プロジェクトとして保存した内容は、Maestroの操作結...
その状態のものを取っておきたいときは、プロジェクトのフォ...
File→Open Projectで開く
File→Close Projectで閉じる（Maestroは初期状態になる感じ...
*** 蛋白質を全部消す [#f9876552]
File→Close Project
*** メニューにある[AUTO] [#x76a5bc0]
？ 切っておく（表示・非表示の切り替えで視点が変わらない...
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