[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
単語検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/vmd [#n0637cc9]
#contents
** 一行メモ [#k0a69fe0]
- VMDのpbcコマンドに関する説明 https://www.ks.uiuc.edu/Re...
- どことも結合していない原子は、ASHLCのS->wire->nonbonded...
- 3.7GBの.xtcファイル(.trrで12.1GB相当)はVMDで全フレーム...
- alliumにインストールした。 /share/apps/vmd-1.9.3/bin/vm...
- https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/ --...
- xyz軸方向の表示・非表示・表示場所の変更は メニューの Di...
- Tcl文法 https://www.freesoftnet.co.jp/webfiles/tclkits/...
- Visualization→Ruler は Save Visualization Stateで正常に...
- linux版でTcl text interface (コンソール)でbackspaceが効...
そのほか、history, his, !num, !string, linux外部コマンド...
- Tclの名前空間の使い方など https://freesoftnet.co.jp/web...
- 少なくともwindows版のとき、ファイルを保存するとき、絶対...
#comment
* VMDの使い方 [#m6e4458c]
//-------------------------------------------------------...
* VMDの基本的な操作 [#f8929531]
R 回転モード
マウス左ドラッグ： 回転
マウス中ロール： 拡大縮小
T 平行移動モード
マウス左ドラッグ： 上下水平に移動
マウス右ドラッグ： 奥行きの移動（左右のドラッグが、遠...
マウス中ロール：拡大縮小
C 原子を左クリックして、回転中心選択
デフォルト？に戻すには、VMD Main...
1 原子を左クリックして、原子のラベルを表示
2 原子を2個左クリックして、原子間の距離を表示
3 原子を3個左クリックして、原子間の角度を表示
4 原子を4個左クリックして、原子間のねじれ角を表示
P 原子をクリックすると、コンソールに原子の通し番号(index...
場合はxと出る。ので、index番号から判断する？
1 を押してもコンソールに情報が出る。
Graphicsメニュ→Labels
上記1～4など？で表示した残基名などのラベルを、削除した...
//-------------------------------------------------------...
* VMDでgromacsのトラジェクトリーを表示 [#wd68dc03]
** トラジェクトリーの読み込み [#n986a04a]
Fileメニュー→New Molecule→.groファイルを選択→Load→.trrフ...
(注1) .trrファイルをLoadするときに、Load files for:のと...
New Moleculeではなく、先に読み込んだ.groファイルの名称に...
時系列の原子座標が最初の.groのあとにアペンドされる。その...
(0フレーム目)を削除するとよい。
(注2) .trrだけを読み込むこともできる。この場合は、ただの...
(注3) .trrファイルには、スタートの構造と、最後の構造が含...
に出力していた場合、251フレーム含まれる。例えば、npt.trr...
が含まれる（NVT平衡化につづけてNPT平衡化をしている場合）。
.trrに含まれる原子座標だけを保存したファイル形式は.xtcで...
.trrには他に原子の速度と原子に働く力が含まれている。
** 蛋白質の形状を変更する [#sde468f0]
Graphics→Representations→Create Repボタンを押す→Selectio...
→selected Atomsの欄をproteinにする→Applyボタン→Draw styl...
→Drawing MethodをCPKなどにする。
（注）表現を増やして描画できる。
*** 原子の選択 [#t9d8116c]
&COLOR(,yellow){原子の選択方法}; http://www.ks.uiuc.edu/R...
chainの選択は、chain A など。
残基名は、大文字である。
例（Selected Atomsの入力）
resname TYR and not hydrogen
resname HEM and not hydrogen
name FE
protein and not hydrogen
(resname HEME or resname TYR) and not hydrogen
resid 429 to 574 #アミノ酸配列の選択
*** 原子の選択とPDBでの保存 [#j9be4f81]
例えば、Graphics→Representationsの Seleteted Atomsに次を...
(within 3 of (protein or resname HEM)) and not (protein ...
sqrt((x-67)*(x-67)+(y-66)*(y-66)+(z-54)*(z-54)) < (34+2+...
#このサイズはMaestroで読めるが操作は無理
選択したものの(RepresentationsのSelection項目)を pdbファ...
File→Save Coordinatesから、Save dataと Selected atomsを...
** 表示状態の保存・ロード [#bc69004e]
File→Load Visualization State or Save Visualization State
なお、表示に利用した .groや .trrはロード時に読み込まれる。
（保存したファイルには、その .groや .trrのファイルを絶対...
指定しているから、ここを変更すれば、ファイルを移動でき...
*** バグ？ [#p6113268]
トラジェクトリーを読み込んでいる場合、
VMDでstateをsaveする前に、Playで動くことを確認する。たま...
** BOXの境界を表示する [#od66e00e]
Tk consoleで、 pbc boxと入力する。
色付きは pbc box -color red など
境界を消すには、pbc box -off
メモ：chimeraでは Amberのトラジェクトリーは読み込めるら...
読み込めない。
** 他 [#m9f9e660]
*** 物差しを表示する [#fb381e58]
Extensionsメニュー→Visualization→Ruler→tape,grid,Scaleの...
*** 視点やサイズをリセットする [#ob074382]
Display→Reset View
*** クリッピングやdepth due [#mbc9fe39]
Display→Display Setting、でいろいろいじる
*** 画像の保存（windows版） [#zee0ba98]
File->Render->
using: Snapshotのまま
filename: フォルダをBrowseしてファイル名.bmpを入れて保...
（フォルダ名に日本語やスペースが含まれていては...
デスクトップにいったん保存がよい）
->Start Renderingを押す。
＃上記のbmpよりも、スクリーンショットとって docxに保存す...
** リンク [#i7ca75b6]
***ドキュメント [#wf2345fc]
- https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html
- https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/
-- google searchで、「keyword site:www.ks.uiuc.edu/Resear...
*** その他 [#xda47c98]
- https://www.researchgate.net/post/How_can_I_remove_pbc_...
- https://www.yumpu.com/en/document/read/10444677/advance...
//-------------------------------------------------------...
* Tclスクリプトでトラジェクトリーの時間を表示する [#be60e...
#2024/05/09 okazaki,i
# VMD 1.9.3 によるトラジェクトリ表示に、そのフレームの時...
#
# 使い方:
# 1) ~/.vmdrcファイルに以下のものを入れておく。
# menu main on
# set auto_path [concat $env(HOME)/.vmd/myscripts $...
# auto_mkindex $env(HOME)/.vmd/myscripts *.tcl
# 2) ~/.vmd/myscriptディレクトリにこのファイルを入れてお...
# 3) vmdを起動し通常通りトラジェクトリを読み込み後、tcl ...
# から mytraceon を実行する。原子をマウスでpickすると...
# 時間が表示される。何もpickしないと原点座標に表示さ...
# 予めこのスクリプトの tperframeをトラジェクトリの...
# 終わったら mytraceoff を実行すると時間は表示されな...
#
# メモ:
# - mytraceonした後でも、コンソールから set mytrace::tpe...
# - set mytrace::debugf 1 の変更も可
# - File->Save Visualization Stateは drawによる表示のみ...
# - 分子を読み込んでいない状態で mytraeonを実行した場合...
# - Top(VMD Mainの"T")を変えると、変える前の時間表示が残...
#
# ref. pp140-141, p127 in VMD User's Guide Version 1.9.3
# https://www.yumpu.com/en/document/read/10444677/
# advanced-vmd-script-...
# https://freesoftnet.co.jp/webfiles/tclkits/doc/Tc...
# など。
# スクリプトの途中でエラーがあると、そこでスクリプ...
proc mytraceon {} { mytrace::traceon }
proc mytraceoff {} { mytrace::traceoff }
proc mydebugp { flag msg } { if { $flag } { puts $msg } }
namespace eval mytrace {
set tperframe 0.01 ;#1frame = 0.01ps (表示するトラ...
#set tperframe 2.0
set debugf 0 ;#デバッグ用 0 or 1
#[molinfo top]は何番でも可のようだ(playボタンで全て...
#何番でもよく、disptimeが呼ばれて処理が実行される。
proc traceon {} {
trace add variable ::vmd_frame([molinfo top])...
trace add variable ::vmd_pick_event ...
mytrace::disptime {}
}
proc traceoff {} {
trace remove variable ::vmd_frame([molinfo top])...
trace remove variable ::vmd_pick_event ...
draw delete all; pbc box ;#このへんなんか変？
#draw delete all; pbc box -off
#draw delete all
}
#vmd_frame(n)の描画イベントにより実行
proc disptime {args} {
mydebugp $mytrace::debugf "****In mytrace::dispt...
if { [info exists mytrace::tmpdtxt] } { draw del...
mydebugp $m...
if { ![info exists mytrace::coord] } { set ::myt...
draw color yellow
set f [molinfo top get frame]
set t [expr $f * $mytrace::tperframe]
set str "t=[format "%.2f" $t]ps ($f frame)"
mydebugp $mytrace::debugf " $str, namespace=[na...
set ::mytrace::tmpdtxt [ draw text "$mytrace::co...
mydebugp $mytrace::debugf " new tmpdtxt=$mytrac...
mydebugp $mytrace::debugf "****Ot mytrace::dispt...
}
#pickイベントにより、原子のx,y,z座標を coordに代入
#（ウィンドウの２次元の固定位置を指定する方法は不明...
proc pickatom {args} {
mydebugp $mytrace::debugf "****In mytrace::picka...
mydebugp $mytrace::debugf " ::vmd_pick_mol,::vm...
set sel [atomselect $::vmd_pick_mol "index $::vm...
lassign [$sel get {x y z}] mytrace::coord
mydebugp $mytrace::debugf " mytrace::coord = $m...
disptime {}
mydebugp $mytrace::debugf "****Ot mytrace::picka...
}
}
#end of file
//-------------------------------------------------------...
終了行:
#menu(howto/MenuBar)
* howto/vmd [#n0637cc9]
#contents
** 一行メモ [#k0a69fe0]
- VMDのpbcコマンドに関する説明 https://www.ks.uiuc.edu/Re...
- どことも結合していない原子は、ASHLCのS->wire->nonbonded...
- 3.7GBの.xtcファイル(.trrで12.1GB相当)はVMDで全フレーム...
- alliumにインストールした。 /share/apps/vmd-1.9.3/bin/vm...
- https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/ --...
- xyz軸方向の表示・非表示・表示場所の変更は メニューの Di...
- Tcl文法 https://www.freesoftnet.co.jp/webfiles/tclkits/...
- Visualization→Ruler は Save Visualization Stateで正常に...
- linux版でTcl text interface (コンソール)でbackspaceが効...
そのほか、history, his, !num, !string, linux外部コマンド...
- Tclの名前空間の使い方など https://freesoftnet.co.jp/web...
- 少なくともwindows版のとき、ファイルを保存するとき、絶対...
#comment
* VMDの使い方 [#m6e4458c]
//-------------------------------------------------------...
* VMDの基本的な操作 [#f8929531]
R 回転モード
マウス左ドラッグ： 回転
マウス中ロール： 拡大縮小
T 平行移動モード
マウス左ドラッグ： 上下水平に移動
マウス右ドラッグ： 奥行きの移動（左右のドラッグが、遠...
マウス中ロール：拡大縮小
C 原子を左クリックして、回転中心選択
デフォルト？に戻すには、VMD Main...
1 原子を左クリックして、原子のラベルを表示
2 原子を2個左クリックして、原子間の距離を表示
3 原子を3個左クリックして、原子間の角度を表示
4 原子を4個左クリックして、原子間のねじれ角を表示
P 原子をクリックすると、コンソールに原子の通し番号(index...
場合はxと出る。ので、index番号から判断する？
1 を押してもコンソールに情報が出る。
Graphicsメニュ→Labels
上記1～4など？で表示した残基名などのラベルを、削除した...
//-------------------------------------------------------...
* VMDでgromacsのトラジェクトリーを表示 [#wd68dc03]
** トラジェクトリーの読み込み [#n986a04a]
Fileメニュー→New Molecule→.groファイルを選択→Load→.trrフ...
(注1) .trrファイルをLoadするときに、Load files for:のと...
New Moleculeではなく、先に読み込んだ.groファイルの名称に...
時系列の原子座標が最初の.groのあとにアペンドされる。その...
(0フレーム目)を削除するとよい。
(注2) .trrだけを読み込むこともできる。この場合は、ただの...
(注3) .trrファイルには、スタートの構造と、最後の構造が含...
に出力していた場合、251フレーム含まれる。例えば、npt.trr...
が含まれる（NVT平衡化につづけてNPT平衡化をしている場合）。
.trrに含まれる原子座標だけを保存したファイル形式は.xtcで...
.trrには他に原子の速度と原子に働く力が含まれている。
** 蛋白質の形状を変更する [#sde468f0]
Graphics→Representations→Create Repボタンを押す→Selectio...
→selected Atomsの欄をproteinにする→Applyボタン→Draw styl...
→Drawing MethodをCPKなどにする。
（注）表現を増やして描画できる。
*** 原子の選択 [#t9d8116c]
&COLOR(,yellow){原子の選択方法}; http://www.ks.uiuc.edu/R...
chainの選択は、chain A など。
残基名は、大文字である。
例（Selected Atomsの入力）
resname TYR and not hydrogen
resname HEM and not hydrogen
name FE
protein and not hydrogen
(resname HEME or resname TYR) and not hydrogen
resid 429 to 574 #アミノ酸配列の選択
*** 原子の選択とPDBでの保存 [#j9be4f81]
例えば、Graphics→Representationsの Seleteted Atomsに次を...
(within 3 of (protein or resname HEM)) and not (protein ...
sqrt((x-67)*(x-67)+(y-66)*(y-66)+(z-54)*(z-54)) < (34+2+...
#このサイズはMaestroで読めるが操作は無理
選択したものの(RepresentationsのSelection項目)を pdbファ...
File→Save Coordinatesから、Save dataと Selected atomsを...
** 表示状態の保存・ロード [#bc69004e]
File→Load Visualization State or Save Visualization State
なお、表示に利用した .groや .trrはロード時に読み込まれる。
（保存したファイルには、その .groや .trrのファイルを絶対...
指定しているから、ここを変更すれば、ファイルを移動でき...
*** バグ？ [#p6113268]
トラジェクトリーを読み込んでいる場合、
VMDでstateをsaveする前に、Playで動くことを確認する。たま...
** BOXの境界を表示する [#od66e00e]
Tk consoleで、 pbc boxと入力する。
色付きは pbc box -color red など
境界を消すには、pbc box -off
メモ：chimeraでは Amberのトラジェクトリーは読み込めるら...
読み込めない。
** 他 [#m9f9e660]
*** 物差しを表示する [#fb381e58]
Extensionsメニュー→Visualization→Ruler→tape,grid,Scaleの...
*** 視点やサイズをリセットする [#ob074382]
Display→Reset View
*** クリッピングやdepth due [#mbc9fe39]
Display→Display Setting、でいろいろいじる
*** 画像の保存（windows版） [#zee0ba98]
File->Render->
using: Snapshotのまま
filename: フォルダをBrowseしてファイル名.bmpを入れて保...
（フォルダ名に日本語やスペースが含まれていては...
デスクトップにいったん保存がよい）
->Start Renderingを押す。
＃上記のbmpよりも、スクリーンショットとって docxに保存す...
** リンク [#i7ca75b6]
***ドキュメント [#wf2345fc]
- https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/docs.html
- https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/
-- google searchで、「keyword site:www.ks.uiuc.edu/Resear...
*** その他 [#xda47c98]
- https://www.researchgate.net/post/How_can_I_remove_pbc_...
- https://www.yumpu.com/en/document/read/10444677/advance...
//-------------------------------------------------------...
* Tclスクリプトでトラジェクトリーの時間を表示する [#be60e...
#2024/05/09 okazaki,i
# VMD 1.9.3 によるトラジェクトリ表示に、そのフレームの時...
#
# 使い方:
# 1) ~/.vmdrcファイルに以下のものを入れておく。
# menu main on
# set auto_path [concat $env(HOME)/.vmd/myscripts $...
# auto_mkindex $env(HOME)/.vmd/myscripts *.tcl
# 2) ~/.vmd/myscriptディレクトリにこのファイルを入れてお...
# 3) vmdを起動し通常通りトラジェクトリを読み込み後、tcl ...
# から mytraceon を実行する。原子をマウスでpickすると...
# 時間が表示される。何もpickしないと原点座標に表示さ...
# 予めこのスクリプトの tperframeをトラジェクトリの...
# 終わったら mytraceoff を実行すると時間は表示されな...
#
# メモ:
# - mytraceonした後でも、コンソールから set mytrace::tpe...
# - set mytrace::debugf 1 の変更も可
# - File->Save Visualization Stateは drawによる表示のみ...
# - 分子を読み込んでいない状態で mytraeonを実行した場合...
# - Top(VMD Mainの"T")を変えると、変える前の時間表示が残...
#
# ref. pp140-141, p127 in VMD User's Guide Version 1.9.3
# https://www.yumpu.com/en/document/read/10444677/
# advanced-vmd-script-...
# https://freesoftnet.co.jp/webfiles/tclkits/doc/Tc...
# など。
# スクリプトの途中でエラーがあると、そこでスクリプ...
proc mytraceon {} { mytrace::traceon }
proc mytraceoff {} { mytrace::traceoff }
proc mydebugp { flag msg } { if { $flag } { puts $msg } }
namespace eval mytrace {
set tperframe 0.01 ;#1frame = 0.01ps (表示するトラ...
#set tperframe 2.0
set debugf 0 ;#デバッグ用 0 or 1
#[molinfo top]は何番でも可のようだ(playボタンで全て...
#何番でもよく、disptimeが呼ばれて処理が実行される。
proc traceon {} {
trace add variable ::vmd_frame([molinfo top])...
trace add variable ::vmd_pick_event ...
mytrace::disptime {}
}
proc traceoff {} {
trace remove variable ::vmd_frame([molinfo top])...
trace remove variable ::vmd_pick_event ...
draw delete all; pbc box ;#このへんなんか変？
#draw delete all; pbc box -off
#draw delete all
}
#vmd_frame(n)の描画イベントにより実行
proc disptime {args} {
mydebugp $mytrace::debugf "****In mytrace::dispt...
if { [info exists mytrace::tmpdtxt] } { draw del...
mydebugp $m...
if { ![info exists mytrace::coord] } { set ::myt...
draw color yellow
set f [molinfo top get frame]
set t [expr $f * $mytrace::tperframe]
set str "t=[format "%.2f" $t]ps ($f frame)"
mydebugp $mytrace::debugf " $str, namespace=[na...
set ::mytrace::tmpdtxt [ draw text "$mytrace::co...
mydebugp $mytrace::debugf " new tmpdtxt=$mytrac...
mydebugp $mytrace::debugf "****Ot mytrace::dispt...
}
#pickイベントにより、原子のx,y,z座標を coordに代入
#（ウィンドウの２次元の固定位置を指定する方法は不明...
proc pickatom {args} {
mydebugp $mytrace::debugf "****In mytrace::picka...
mydebugp $mytrace::debugf " ::vmd_pick_mol,::vm...
set sel [atomselect $::vmd_pick_mol "index $::vm...
lassign [$sel get {x y z}] mytrace::coord
mydebugp $mytrace::debugf " mytrace::coord = $m...
disptime {}
mydebugp $mytrace::debugf "****Ot mytrace::picka...
}
}
#end of file
//-------------------------------------------------------...
ページ名:
![[PukiWiki]](image/favicon_for_orange.png "[PukiWiki]"){kind=small}
