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R 回転モード マウス左ドラッグ： 回転 マウス中ロール： 拡大縮小 T 平行移動モード マウス左ドラッグ： 上下水平に移動 マウス右ドラッグ： 奥行きの移動（左右のドラッグが、遠ざかる←→近づく） マウス中ロール：拡大縮小 C 原子を左クリックして、回転中心選択 デフォルト？に戻すには、VMD Mainウィンドウ Display->Reset View しかない？ 1 原子を左クリックして、原子のラベルを表示 2 原子を2個左クリックして、原子間の距離を表示 3 原子を3個左クリックして、原子間の角度を表示 4 原子を4個左クリックして、原子間のねじれ角を表示 P 原子をクリックすると、コンソールに原子の通し番号(index)などの情報が出る。chain番号はない 場合はxと出る。ので、index番号から判断する？ 1 を押してもコンソールに情報が出る。
Graphicsメニュ→Labels 上記1～4など？で表示した残基名などのラベルを、削除したり、一時的に非表示したりする。
Fileメニュー→New Molecule→.groファイルを選択→Load→.trrファイルを選択→Load (注1) .trrファイルをLoadするときに、Load files for:のところは New Moleculeではなく、先に読み込んだ.groファイルの名称になっていること。 時系列の原子座標が最初の.groのあとにアペンドされる。そのため、最初のフレーム (0フレーム目)を削除するとよい。 (注2) .trrだけを読み込むこともできる。この場合は、ただの点として読み込まれる。 (注3) .trrファイルには、スタートの構造と、最後の構造が含まれる。5,000stepを200step毎 に出力していた場合、251フレーム含まれる。例えば、npt.trrの場合、nvt.groとnpt.gro が含まれる（NVT平衡化につづけてNPT平衡化をしている場合）。
Graphics→Representations→Create Repボタンを押す→Selectionsタブ →selected Atomsの欄をproteinにする→Applyボタン→Draw styleタブ →Drawing MethodをCPKなどにする。 （注）表現を増やして描画できる。
原子の選択方法 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.3/ug/node132.html
例えば、Graphics→Representationsの Seleteted Atomsに次を入力する。
(within 3 of (protein or resname HEM)) and not (protein or resname HEM) or ion
sqrt((x-67)*(x-67)+(y-66)*(y-66)+(z-54)*(z-54)) < (34+2+3) and not (protein or resname HEM) or ion
#このサイズはMaestroで読めるが操作は無理
選択したものの(RepresentationsのSelection項目)を pdbファイルとして書き出すには、
File→Save Coordinatesから、Save dataと Selected atomsを選んで Saveする。
File→Load Visualization State or Save Visualization State なお、表示に利用した .groや .trrはロード時に読み込まれる。 （保存したファイルには、その .groや .trrのファイルを絶対パスで 指定しているから、ここを変更すれば、ファイルを移動できる。）
トラジェクトリーを読み込んでいる場合、 VMDでstateをsaveする前に、Playで動くことを確認する。たまにバグる、バグったstateをloadしても直らない。
Tk consoleで、 pbc boxと入力する。 境界を消すには、pbc box -off メモ：chimeraでは Amberのトラジェクトリーは読み込めるらしいが、gromacsのは 読み込めない。
Extensionsメニュー→Visualization→Ruler→tape,grid,Scaleのいずれかを選択
Display→Reset View
Display→Display Setting、でいろいろいじる
