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開始行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/Amber [#w5203dbe]
#contents
** 一行メモ [#t2bfff02]
- offとかコマンド名に付いているものは、offフォーマットの...
- xleapで間違った操作をすれば（例えば > source parm94.dat...
- メモ -- &new{2026-06-10 (水) 14:57:09};
cpptraj -p $SYSNAME.prmtop << input_eof
trajin minh.rst7
trajout minh.pdb pdb
go
input_eof
- amberは 1J=4.184cal の定義を使っている。 -- &new{2026-...
- pmemd.MPI は mpirun -np 1 では走らないようだ（エラー出...
- ncdump nvt+npt_image.nc | less #中身の情報が見れる --...
- conda repoquery depends ambertools-dac --tree -- &new{...
-- ambertools-dac -> fftw要求 -> openmpi要求 の形になって...
- (memo) condaのチャンネルやGitHub -- &new{2026-06-15 (...
備考)
＜チャンネルdacase＞（https://anaconda.org/channels/d...
$ conda search dacase::ambertools*
# Name Version Buil...
ambertools-dac 24.7.0 py312h85d5b39_...
...
ambertools-dac 26.0.0 py312h2009f2f_...
＜チャンネルconda-forge＞（https://anaconda.org/chann...
なお、https://conda.anaconda.org/conda-forge/ ...
このチャンネルのambertoolsは Amberグループのも...
また、jaimergp::ambertoolsなどもあるが個人のビ...
$ conda search conda-forge::ambertools*
# Name Version Buil...
ambertools 19 h0d7ec52_...
...
ambertools 22.5 py310hd182041_...
ambertools 22.5 py38h5cd4e24_...
ambertools 22.5 py39h9e491d2_...
...
ambertools 24.8 cuda_None_open...
$ conda search conda-forge::ambertools=22.5=py39* -...
- fftw >=3.3.10,<4.0a0
- python >=3.9,<3.10.0a0
など
＜GitHub＞
https://github.com/conda-forge/ambertools-feedstock c...
https://github.com/conda-forge/ambertools-feedstock/b...
{% set version = "24.8" %}
url: https://ambermd.org/downloads/AmberTools24_rc5...
sha256: 52fb4fb3370a89b7ce738a2dc3e513c2fc1943fde4b...
の記載はある。
#comment
//-------------------------------------------------------...
* 使い方 [#b55c715e]
** 練習文章(doxc)・フロー・サンプル [#nc1da76c]
- &ref(Amberの使い方_202xXXXX.docx);
- VMDの使い方はこちら [[howto/vmd]]
//-------------------------------------------------------...
** チュートリアル [#zfa930e5]
- https://ambermd.org/tutorials/
- https://amber.tkanai-lab.org/TutorialB4/index.htm Antec...
//-------------------------------------------------------...
** マニュアル [#j4e9094d]
- https://ambermd.org/
- https://ambermd.org/doc12/Amber26.pdf ( https://ambermd...
//-------------------------------------------------------...
* Tips [#g37d3671]
//-------------------------------------------------------...
* その他 [#y965a224]
- leapなどの参考に
-- https://www.conflex.co.jp/pdf/amber_introduction.pdf
-- https://www.t4.cii.isct.ac.jp/docs/amber/pdf/amber.pdf
//-------------------------------------------------------...
終了行:
#menu(LABO/MenuBar)
* LABO/Amber [#w5203dbe]
#contents
** 一行メモ [#t2bfff02]
- offとかコマンド名に付いているものは、offフォーマットの...
- xleapで間違った操作をすれば（例えば > source parm94.dat...
- メモ -- &new{2026-06-10 (水) 14:57:09};
cpptraj -p $SYSNAME.prmtop << input_eof
trajin minh.rst7
trajout minh.pdb pdb
go
input_eof
- amberは 1J=4.184cal の定義を使っている。 -- &new{2026-...
- pmemd.MPI は mpirun -np 1 では走らないようだ（エラー出...
- ncdump nvt+npt_image.nc | less #中身の情報が見れる --...
- conda repoquery depends ambertools-dac --tree -- &new{...
-- ambertools-dac -> fftw要求 -> openmpi要求 の形になって...
- (memo) condaのチャンネルやGitHub -- &new{2026-06-15 (...
備考)
＜チャンネルdacase＞（https://anaconda.org/channels/d...
$ conda search dacase::ambertools*
# Name Version Buil...
ambertools-dac 24.7.0 py312h85d5b39_...
...
ambertools-dac 26.0.0 py312h2009f2f_...
＜チャンネルconda-forge＞（https://anaconda.org/chann...
なお、https://conda.anaconda.org/conda-forge/ ...
このチャンネルのambertoolsは Amberグループのも...
また、jaimergp::ambertoolsなどもあるが個人のビ...
$ conda search conda-forge::ambertools*
# Name Version Buil...
ambertools 19 h0d7ec52_...
...
ambertools 22.5 py310hd182041_...
ambertools 22.5 py38h5cd4e24_...
ambertools 22.5 py39h9e491d2_...
...
ambertools 24.8 cuda_None_open...
$ conda search conda-forge::ambertools=22.5=py39* -...
- fftw >=3.3.10,<4.0a0
- python >=3.9,<3.10.0a0
など
＜GitHub＞
https://github.com/conda-forge/ambertools-feedstock c...
https://github.com/conda-forge/ambertools-feedstock/b...
{% set version = "24.8" %}
url: https://ambermd.org/downloads/AmberTools24_rc5...
sha256: 52fb4fb3370a89b7ce738a2dc3e513c2fc1943fde4b...
の記載はある。
#comment
//-------------------------------------------------------...
* 使い方 [#b55c715e]
** 練習文章(doxc)・フロー・サンプル [#nc1da76c]
- &ref(Amberの使い方_202xXXXX.docx);
- VMDの使い方はこちら [[howto/vmd]]
//-------------------------------------------------------...
** チュートリアル [#zfa930e5]
- https://ambermd.org/tutorials/
- https://amber.tkanai-lab.org/TutorialB4/index.htm Antec...
//-------------------------------------------------------...
** マニュアル [#j4e9094d]
- https://ambermd.org/
- https://ambermd.org/doc12/Amber26.pdf ( https://ambermd...
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* Tips [#g37d3671]
//-------------------------------------------------------...
* その他 [#y965a224]
- leapなどの参考に
-- https://www.conflex.co.jp/pdf/amber_introduction.pdf
-- https://www.t4.cii.isct.ac.jp/docs/amber/pdf/amber.pdf
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